Был сводным братом Аврелии Котты, матери Гая Юлия Цезаря, а также родным братом двух консулов — Марка Аврелия Котты и Луция Аврелия Котты. В 92 г. до н. э. он выступил с речью в защиту своего дяди Публия Рутилия Руфа, обвиненного в вымогательствах в провинции Азия. Он был близким другом народного трибуна Марка Ливия Друза, убитого в 91 г., и в том же году сам выдвинул свою кандидатуру на трибунат, но потерпел неудачу. Вскоре после этого он был отправлен в изгнание по закону Вария, согласно которому подлежали наказанию те, кто поддерживали италийские племена в Союзнической войне.
Котта вернулся в Рим в 82 г. Есть предположение, что в 80 г. он безуспешно воевал в должности пропретора против Квинта Сертория. В 78 г. он стал претором, чтобы в соответствии с cursus honorum быть избранным в 75 г. на должность консула. Он внес закон, по которому народные трибуны могли позднее занимать вновь другие должности (что было им ранее запрещено законами диктатора Суллы) и заключил договор с нумидийским царем Гиемпсалом II. После консульства Котта стал в 74 г. проконсулом Цизальпийской Галлии. На рубеже 74-73 гг. он умер, не успев отпраздновать триумф.
До своей смерти Котта был понтификом, хотя нельзя с уверенностью сказать, с какого момента он занимал эту должность. Вместе с ним в жреческой коллегии находился его племянник Гай Юлий Цезарь. Братья Гая Аврелия Котты, Марк и Луций, также занимали консульские должности.
Цицерон называл Котту и Публия Сульпиция Руфа лучшими ораторами среди молодых людей того времени. Котта участвовал с Квинтом Гортензием Горталом в защите сулланца Гнея Корнелия Долабеллы во время судебного процесса, инициированного Гаем Юлием Цезарем.
