Клубная карьера
Ранние годы
В ранние годы Скотт Браун выступал в юношеской лиге своей родной области Файф за такие команды, как «Инверкитинг Юнайтед» из одноименного городка и «Фолфорд Ройалс» из Коуденбита.
«Хайберниан»
Профессиональная карьера Скотта началась в 2002 году, когда он подписал контракт с клубом «Хайберниан». Дебют Брауна за «Хибс» состоялся 3 мая 2003 года в домашнем матче своей команды против «Абердина». Через неделю Браун впервые вышел уже в основном составе эдинбургской команды — «Хайберниан» встречался с «Мотеруэллом» и победил 1:0. В оставшихся двух матчах сезона 2002/03 молодой игрок забил три мяча — вначале он сделал «дубль» в игре с «Ливингстоном», затем спустя неделю поразил ворота клуба «Партик Тисл».
В следующем сезоне Скотт Браун стал постоянным игроком основного состава «Хибс», сыграв в общей сложности за этот год 41 игру и забив 4 гола. Несмотря на достаточно низкую итоговую позицию «Хайберниана» в чемпионате, где он занял лишь восьмое место, в Кубке лиги эдинбургцы дошли до финала турнира, выбив из розыгрыша «Селтик» и «Рейнджерс». Тем не менее в финальном матче они уступили «Ливингстону» 0:2. Браун участвовал во всех встречах клуба в этом турнире, поразив ворота противника один раз — это случилось в матче третьего раунда, в котором «Хибс» победили «Монтроз» 9:0.
В межсезонье у «Хайберниана» сменился тренер — новым наставником команды стал Тони Моубрей, сделавший основную ставку на молодых игроков. В таких условиях Браун заиграл ещё ярче, однако 19 сентября 2004 года Скотт получил травму в матче с «Селтиком», которая вывела его из строя на четыре месяца. Всего в сезоне 2004/05 шотландец сыграл 24 игры и забил 2 мяча.
Травмы продолжили преследовать Брауна и в следующем футбольном году — он пропустил большую часть второй половины сезона, сломав ногу в столкновении с игроком «Харт оф Мидлотиан» Жюльеном Брилльи. Примечательно, что врачи сразу не обнаружили у игрока это серьёзное повреждение, Скотт вышел и на следующий матч — против «Рейнджерс». При счёте 2:0 в пользу своей команды Браун попросил замену из-за нестерпимых болей в ноге. Игрока сразу же доставили в больницу, где рентген показал, что у игрока сломана кость. На поле Браун вернулся спустя два с половиной месяца, выйдя на замену в последнем эдинбургском дерби того сезона, где «Хибс» играли с «Хартс».
Сезон 2006/07 показал, что Скотт стал одним из лучших шотландских игроков. В этом футбольном году Браун явился одним из главных творцов победы «Хайберниана» в Кубке лиги, где в финальном матче эдинбургская команда победила «Килмарнок» 5:1. Этот трофей стал первым выигранным призом для «Хибс» за последние 16 лет. В этом же году Браун утвердился игроком основного состава сборной Шотландии.
2 декабря 2006 года перед матчем «Хайберниана» с «Данди Юнайтед» Скотт заявил о своём желании покинуть Эдинбург, чтобы играть за команду, решающую более высокие задачи. В этом же интервью он сказал, что его агент, Вилли Маккей, посоветовавший ему принять данное решение, уже подыскивает футболисту нового работодателя. 31 января 2007 года Браун рассказал СМИ о затянувшемся вопросе по его переходу в другой клуб, сказав, что он «был бы счастлив остаться в Эдинбурге до окончания своего контракта», истекающего летом 2009. Несмотря на это футбольная общественность была склона к тому, что Скотт покинет команду уже летом. Бывший игрок «Хайберниана» Кевин Томсон, перешедший в январе 2007 года в «Рейнджерс», в одном из интервью поведал о своём разговоре с Брауном, в котором последний рассказал ему о скором переходе в стан глазвегианцев. В это же время пресса связывала Скотта с такими командами, как «Селтик», «Эвертон», «Тоттенхэм Хотспур», «Мидлсбро» и «Рединг».
В мае 2007 года представители «Рединга» объявили, что клубы смогли окончательно договориться по поводу переезда Брауна в Англию, однако сам футболист отказался от этого трансфера, мотивировав своё решение так: