Разработал научно обоснованную систему подготовки врачей, составил программы обучения для госпитальных школ. Чтение лекций, вопреки обычаю, проводил на русском языке, ввёл обязательное преподавание анатомии на трупах.
В области ботаники был одним из первых русских флористов-систематиков.
Биография
Ранние годы. Образование
Щепин родился в 1728 году в селе Молотникове близ города Котельнича Вятской губернии. Родители Щепина были крестьянами. Ко времени его поступления в Хлыновскую славяно-латинскую школу в Вятке отец стал пономарём котельнической церкви.
Благодаря своим способностям Щепин уже в школе выделился из круга своих сверстников. Преподаватели, наблюдая за успехами Щепина, советовали ему продолжить учение в академии. После окончания класса риторики 14-летний Щепин в 1742 году по совету вятского епископа Варлаама (Скамницкого), преодолев огромное расстояние, почти пешком добрался до Киева и поступил в Киевскую духовную академию. Срок обучения в этом учебном заведении не был точно определён и мог продолжаться от трёх до десяти лет. Щепина сразу зачислили во второй класс, а через два месяца перевели в третий. Для Щепина в стенах академии открылись широкие горизонты, он сделался одним из первых воспитанников знаменитого училища. В 1743 году, в пятом классе, его успехи оценены самой высшей отметкой «преизряден». Он в совершенстве овладел латинским языком, шёл впереди других студентов, и потому смело мог рассчитывать занять впоследствии почётное место профессора в этой академии. Но в это время в Киеве только и было разговоров, что о знаменитом тогда В. Г. Барском, недавно возвратившемся из-за границы. Записки его о заграничной жизни переписывались во множестве экземпляров и читались нарасхват; рассказы его o вынесенных впечатлениях и виденных чудесах волновали не только студентов, но и большую часть киевского общества; вполне понятно, что Щепин тоже увлекался ими и решил побывать во что бы то ни стало за границей. В 1748 году, пройдя класс философии и отказавшись от завершавшего образование класса богословия, Щепин по своей просьбе был отправлен в Италию.
Без знакомых и друзей, без денег юный Щепин находился в Италии. Он посетил Флоренцию, слушал лекции по философии, медицине, естествознанию и математике в Падуанском и Болонском университетах, затем переехал в Грецию и в мае 1751 года оказался в Константинополе. По примеру Барского выучился в Константинополе английскому и греческому языкам. Из архивов известно, что Щепин ещё в 1748 году увлёкся медициной в Болонье. М. П. Бестужев-Рюмин и М. И. Воронцов рекомендовали Щепина в Академии наук. В архиве Академии наук хранятся копии аттестатов студента Щепина, где записано, что Щепин слушал лекции многих выдающихся учёных того времени.
В Академии Щепин занимался под руководством Степана Петровича Крашенинникова и уже через три месяца упорных занятий был возведён из адъютанта в переводчики. В ходе совместной работы Крашенинникова и Щепина между ними возникла крепкая и долгая дружба, прерванная лишь смертью Крашенинникова. Щепин помогал Крашенинникову в исследовании флоры Петербургской губернии, а после смерти академика некоторое время воспитывал его осиротевшего сына.
По настоянию Крашенинникова Щепин был направлен за границу учиться ботанике в Лейден и Уппсалу, ему было назначено ежегодное пособие в 360 рублей. 30 мая 1753 года Щепин из Кронштадта отбыл в Голландию. После высадки в Амстердаме Щепин отправился в Гаагу. С 1753 по 1754 год он проходил обучение в Лейденском университете. Но, в связи со смертью Крашенинникова в конце 1755 года, новые обстоятельства в Академии наук изменили его планы: в 1756 году он обратился с просьбой к главному доктору и лейб-медику П. З. Кондоиди о принятии его в медицинское ведомство. После согласия Академии и по возвращении ей денег, затраченных на его обучение, 31 августа 1756 года Щепину в Лейден был послан указ о его переводе в ведение Медицинской канцелярии для приготовления к профессуре, и его командировка была продолжена. Щепин подробно писал Медицинской канцелярии о своем пребывании в Лейдене.
