Семья
М.Н. Бардыгин родился в 1864 году в городе Егорьевске Рязанской губернии и был вторым ребёнком в семье известного егорьевского фабриканта, мецената и общественного деятеля Никифора Михайловича Бардыгина. Его старший брат Порфирий успешно учился в Академии коммерческих наук в Москве, но летом 1871 года умер от холеры в возрасте 13 лет. Через день после получения известия о смерти сына скончалась в возрасте 35 лет мать Михаила, Авдотья Феофилактовна. Позднее отец мальчика женился во второй раз, на Марии Владимировне Макарьевой. Отношения с мачехой у Михаила не всегда складывались гладко.
В детстве Михаил часто болел, не отличался здоровьем и в последующие годы. В отличие от отца Михаил получил хорошее образование. В 1874—1878 гг. Михаил обучался в новой Егорьевской прогимназии (в открытии которой большую роль сыграл его отец). Затем, по совету учителей, молодой Бардыгин был определён в Москву, в Лицей цесаревича Николая, основанный известным публицистом М.Н. Катковым.
М. Н. Бардыгин женился на представительнице богатой купеческой фамилии — Глафире Васильевне Постниковой. Её брат, Владимир Васильевич Постников, был известным коллекционером, владельцем антикварного магазина «Былое» на Тверском бульваре в Москве. Первый сын Михаила Никифоровича, Михаил, умер в детстве. В память о маленьком внуке, дед, Никифор Михайлович, установил стипендию его имени для гимназистов. Всего у Михаила Никифоровича было 9 детей не считая умерших в младенчестве, 6 сыновей и 3 дочери: Никифор, Фёдор, Алексей, Василий, Николай, Сергей, Евдокия и Мария. Рано умершая жена Бардыгина и его сын Сергей, умерший 7 мая 1918 года, были похоронены в Москве на Старом кладбище Новодевичьего монастыря. Ещё один сын, Николай, эмигрировал в 20-х годах. Судьба остальных детей неизвестна.
Предпринимательская деятельность
В 1883 году Михаил Бардыгин, завершив обучение поездкой в Западную Европу, вступил в управление семейным делом. В 1885 году Бардыгины открывают печатное отделение, а в 1889 году — красильную фабрику в Городце. В 1901 году после смерти отца Михаил Никифорович становится единоличным владельцем большого разветвлённого бизнеса, включавшего механо-ткацкую и красильные фабрики, множество торговых заведений. В 1909 году Михаил Бардыгин для управление этим большим хозяйством учреждает промышленное и торговое товарищество «Никифора Михайловича Бардыгина наследник» с основным капиталом около 7 млн. рублей и имевшего многочисленные отделения, в том числе в Петербурге, Харькове, Ташкенте, Коканде, Семипалатинске, Екатеринбурге и Томске, а также в Китае. Сам Михаил Никифорович становится директором правления товарищества. Позднее к отцу присоединился его второй сын, названный в честь деда Никифором. После того как торговые обороты товарищества увеличились до 18 млн. рублей, М.Н. Бардыгин выкупил большую часть паёв товарищества «Павла Малютина сыновья», владевшего прядильно-ткацкой фабрикой в с. Раменское Московской губернии.
