Фатмир Сейдиу родился 23 октября 1951 года в косовском селе Пакаштицы неподалеку от города Подуево. Профессию политолога получил в Приштинском университете, сейчас он является профессором факультета права этого крупнейшего учебного заведения страны. В середине 1990-х годов Сейдиу основал альтернативный албанский университет в македонском городе Тетово и стал деканом его правового факультета. Македонские власти в течение десяти лет, вплоть до 2004 года, оспаривали легитимность этого учебного заведения, однако так и не добились его упразднения.
После того как в 1989 году Ругова создал первую политическую организацию косовских албанцев «Демократическая лига Косова», Сейдиу стал её генеральным секретарем. 7 февраля этого года руководство партии выдвинуло Сейдиу единственным кандидатом на должность президента. Сейдиу считается умеренным политиком. Вместе с тем, как и его «духовный отец» Ибрагим Ругова, он неоднократно заявлял, что для косовских албанцев возможен лишь один вариант решения косовской проблемы — полная независимость края.
