В Париже получил диплом доктора медицины и в 1863 году начал преподавать в Университете медицинское естествознание.
Профессор Центральной школы гражданских инженеров.
Был директором парижского Сада растений.
Опубликовал многочисленные работы по ботанике. Его труд История растений (фр. Histoire des plantes) выдвинул автора в число лучших ботаников того времени.
Кавалер ордена Почётного легиона (1867). Член Ботанического общества Франции (1854), член Лондонского королевского общества (1894), член-корреспондент и иностранный член Российской академии наук.
Труды
- Henri Ernest Baillon: Adansonia, recueil p?riodique d’observations botaniques. Paris, 1866—1870 (10 томов) (фр.)
- Henri Ernest Baillon: Dictionnaire de botanique. Paris, 1876—1892 (4 тома) (фр.)
- Henri Ernest Baillon: ?tude g?n?rale du groupe des Euphorbiac?es. 1858 (фр.)
- Henri Ernest Baillon: Histoire des plantes. 1866—1895 (13 томов) (фр.)
- Henri Ernest Baillon: Histoire naturelle des plantes de Madagascar. (3 тома) (фр.)
- Henri Ernest Baillon: Iconographie de la flore fran?aise. 1885—1894 (фр.)
- Henri Ernest Baillon: Recherches organog?niques sur la fleur femelle des Conif?res. 1860 (фр.)
- Henri Ernest Baillon: Recherches sur l’organisation, le d?veloppement et l’anatomie des Caprifoliac?es. 1864 (фр.)
- Henri Ernest Baillon: Trait? de botanique m?dicale cryptogamique. 1889 (фр.)
- Henri Ernest Baillon: Trait? de botanique m?dicale phan?rogamique. 1883—1884 (фр.)
