В 1895 г., после выхода в отставку Кильмансегга, получил от императора поручение составить кабинет, в котором сам взял внутренние дела. В программе, прочитанной в рейхсрате, Бадени обещал «внимательное отношение правительства ко всем законным и справедливым требованиям национальностей, при условии, чтобы сохранялось уважение к освященному долголетней традицией передовому положению немецкой культуры, издавна несущей свет другим народам». Программа встретила сочувствие у немцев, несочувствие — у славян, за исключением поляков.
Тем не менее Бадени решился начать свою министерскую деятельность снятием осадного положения с Праги. В 1896 г. Бадени провел реформу избирательного права, создав «курию всеобщего голосования». При выборах 1897 г. правительство (особенно в Галиции) позволило себе грубое давление на избирателей и вызвало сильное негодование. Так как, несмотря на давление, славянский элемент в рейхсрате оказался очень сильным, Бадени решился изменить свою политику и 5 апреля 1897 г. издал указ о чешском языке, предоставивший этому языку в Богемии привилегированное положение.
Отныне Бадени стал опираться на славянское большинство; все немецкие партии перешли в ожесточенную оппозицию. В течение 1897 г. было внесено в рейхсрат несколько предложений о предании Бадени и его товарищей суду за злоупотребления властью при выборах и за указ о чешском языке. Обсуждение этих предложений привело в палате к бурным сценам и даже к дракам; в течение нескольких месяцев совершенно парализована была деятельность рейхсрата. 25.09.1897 г. Бадени имел дуэль с оскорбившим его депутатом Вольфом, при чем был легко ранен. В ноябре президент палаты депутатов Абрагамович провел новый парламентский регламент, но он только подлил масла в огонь. Введение вице-президентом Крамаржем полиции в стены рейхсрата еще более возбудило оппозицию против Бадени. В Вене начались уличные столкновения между народом и полицией. 28 ноября 1897 г. Бадени подал в отставку.
