Детство и молодость
Пинхус Моисеевич Рутенберг родился 24 января (5 февраля) 1870 года в городе Ромны (тогда Полтавская губернии Российской империи, сейчас Украина) в еврейской семье. Отец — Моисей (Мойше) Рутенберг, купец 2-й гильдии. Мать — Бася-Малка Рутенберг (урождённая Марголина), дочь кременчугского раввина Пинхаса Марголина. Кроме маленького Пинхаса в семье были и другие дети, пять сыновей и две дочери. Рутенберг получил традиционное еврейское образование, в детстве ходил в хедер, изучал священное писание и еврейские законы. В возрасте одиннадцати лет он поступил в реальное училище в своём родном городе. Затем он приезжает в Петербург, где поступает Петербургский технологический институт. Здесь он увлекается идеями тираномахии, к сионизму же относился безразлично.
Журналист Горелик пишет, что духовными «наставниками» Рутенберга были такие личности, как Николай Кибальчич, Вера Фигнер, Софья Перовская, Андрей Желябов и другие. Среди его учителей был Георгий Плеханов, даже после его смерти Рутенберг поддерживал связь с его женой, Розалией. Во время учёбы в институте, под влиянием идей народничества, формируется Рутенберг-революционер.
В 1899 году он принял участие в студенческих волнениях охвативших столицу империи, за особо активное участие в протестах Пинхас был отчислен из института и выслан в Екатеринослав, где работал чертёжником на металлургическом заводе, а позже на железной дороге. В Екатеринославе он сблизился с социал-демократами.
В начале 1900-ых годов Рутенберг влюбился в Ольгу Николаевну Хоменко, которая была старше его и принадлежала, также как и сам Рутенберг, к революционной интеллигенции. Чтобы жениться на Ольге Хоменко Рутенберг, по законам империи, должен был принять христианскую религию. В браке они нажили троих детей, двух сыновей (Женя и Толя) и одну дочь (Валя).
Несмотря на то, что Рутенберг был эсером-активистом и был близко знаком многими известными террористами того времени с такими, как Евно Азеф, Григорий Гершуни, Иван Каляев и с другими, он не участвовал в боевой организации эсеров.
Убийство Гапона
Окончив институт, Рутенберг начал работать младшим инженером на крупнейшем в Петербурге Путиловском заводе.
9 января 1905 года по заданию партии принял участие в организованном священником Георгием Гапоном шествии рабочих к Зимнему дворцу, с целью вручения царю Петиции о нуждах народа. Во время последовавшего за шествием расстрела демонстрации солдатами, Рутенберг проявил самообладание и фактически спас Гапону жизнь, выведя его из-под огня.
До конца 1905 года Гапон и Рутенберг скрываются за границей, где встречаются с такими видными социалистами, как Плеханов, Ленин, Кропоткин, Жорес, Клемансо. За границей Рутенберг стал ближайшим другом Гапона, и, благодаря близости к этому популярному лидеру рабочих, превратился в заметную фигуру в партии эсэров. Затем Рутенберг, а вслед за ним и Гапон, возвращаются в Россию.
В начале 1906 года Гапон признался Рутенбергу в своих связях с полицией и попытался его завербовать, утверждая, что, будучи двойными агентами, они смогут оказать большую помощь рабочему делу. Рутенберг сообщил о провокации руководителям партии — Евгению Азефу (который сам впоследствии оказался провокатором и двойным агентом) и его заместителю Борису Савинкову. Азеф потребовал казнить Гапона.