Родом с острова Патмоса. Был протосинкеллом Константинопольской патриархии.
13 сентября 1788 года избран патриархом Александрийским. Занимался реставрированием древнего монастыря Святого Георгия в Старом Каире и реорганизацией Патриарший библиотеки.
Летом 1798 года в Египет вторглась французская армия во главе с Наполеоном Бонапартом, которая 2 июля заняла Александрию, а через 5 дней вступила в Каир. До сентября 1801 года в стране установился оккупационный режим. Во время антифранцузских восстаний в Каире и Дамиетте толпы мусульман громили христианские кварталы. После ухода французских войск из Египта османские власти стремились не допустить волны погромов христиан; казни и конфискации имущества христиан, сотрудничавшей с французами, не носили массового характера. Однако, удержать порядок в стране не удалось и в 1801—1805 годах Египет был охвачен гражданской смутой. Спасаясь от насилия, Парфений II в конце 1804 года вынужден был бежать на Родос, где и скончался в 1805 году.
