Детство и образование
Борис Георгиевич Ротов родился 15 октября 1929 в деревне Фролово, Кораблинского района Рязанской области, согласно легенде, в семье секретаря Рязанского обкома ВКП (б); книга Человек Церкви, составленная митрополитом Ювеналием, о родителе будущего митрополита говорит так: «Отец, Георгий Иванович, работал в Рязанском Губернском Земельном управлении инженером-землеустроителем».
По окончании средней школы юноша поступил в Рязанский педагогический институт на факультет естествознания.
Постриг, иерейское рукоположение и духовное образование
19 августа 1947 принял монашеский постриг; рукоположен во иеродиакона архиепископом Ярославль и Ростовским Димитрием (Градусовым; в схиме — Лазарь) и причислен к Ярославскому архиерейскому дому. Как вспоминал сам Никодим в речи при наречении, 9 июля 1960, в Трапезном храме Троице-Сергиевой Лавры, «на служение Святой Церкви я вступил, когда приснопоминаемый мною схиархимандрит Лазарь облек меня в иночество» Своё иноческое имя Никодим он позднее оформил и как гражданское имя.
20 ноября 1949 архиепископом Димитрием рукоположен во иеромонаха и назначен настоятелем храма в честь Рождества Христова в селе Давыдове Толбухинского р-на Ярославской области.
Некоторое время состоял вторым священником Покровского храма в Переславле-Залесском.
7 августа 1950 назначен настоятелем храма в честь Святого Димитрия царевича в Угличе и благочинным Угличского округа.
В том же году поступил на заочный сектор Ленинградской духовной семинарии, по окончании которой был зачислен студентом Ленинградской Духовной Академии.
В январе 1952 года назначен клириком кафедрального собора в Ярославле и секретарем архиепископа Ярославского и Ростовского; затем ключарем собора.
С декабря 1954 — исполняющий обязанности настоятеля.
В 1955 окончил Ленинградскую Духовную Академию со степенью кандидата богословия.
Церковная деятельность
25 февраля 1956 года назначен членом Русской Духовной миссии в Иерусалиме, а затем заместителем начальника Миссии.
31 марта 1957 года митрополитом Крутицким и Коломенским Николаем (Ярушевичем) возведён в сан игумена с возложением палицы.
25 сентября 1957 назначен начальником Русской Духовной Миссии в Иерусалиме; возведён в сан архимандрита Митрополитом Назаретским и всея Галилеи Исидором по просьбе Патриарха Алексия (Симанского).
В марте 1959 года, по возвращении в Москву из Иерусалима, назначен заведующим канцелярией Московской Патриархии.
С 4 июня 1959 года — заместитель председателя Отдела внешних церковных сношений (ОВЦС) — митрополита Николая (Ярушевича) — с сохранением за собою должности заведующего канцелярией Московской Патриархии.
16 апреля 1960 года новый председатель Совета по делам Русской православной церкви при Совете Министров СССР Владимир Куроедов и председатель Комитета государственной безопасности СССР Александр Шелепин направили в ЦК КПСС записку, в которой, со ссылкой на информацию от агентурных источников КГБ, предлагали «отвести митрополита Николая от участия в работе Всемирного совета мира, Советского комитета защиты мира и отстранить его от руководящей деятельности в Московской патриархии», добиться на это согласия Патриарха Алексия; кроме того, в записке говорилось: «КГБ считал бы целесообразным на должность председателя отдела внешних церковных связей назначить архимандрита Никодима Ротова и выдвинуть его как представителя Русской православной церкви для участия в деятельности Всемирного совета мира и Советского комитета защиты мира». 21 июня 1960 года состоялось решение Священного Синода об освобождении от должности председателя ОВЦС митрополита Николая (Ярушевича); на его место был назначен архимандрит Никодим с возведением в сан епископа Подольского.
10 июля 1960 года в Троицком соборе Троице-Сергиевой Лавры хиротонисан сонмом епископов во главе с Патриархом Алексием I во епископа Подольского, викария Московской епархии; как Председатель ОВЦС епископ Никодим вступил в управление приходами Русской Православной Церкви в Венгрии, Финляндии и Японии.