Родился в 1937 г. в уезде Бараки, провинции Логар, в богатой семье священнослужителей, принадлежит к пуштунскому племени андар. Обучался в медресе провинций Логар, Газни и Лагман.
До 1973 г. Наби работал преподавателем в медресе провинции Логар, был избран депутатом парламента. Используя положение депутата, приобрел незаконно около 100 гектаров орошаемых земель в провинции Гильменд. После свержения в 1973 году Захир-Шаха и прихода к власти Мухаммеда Дауда, Мухаммед Наби, недовольный потерей своего места в парламенте, выступил с проповедями против реформ и режима Дауда.
После свершения в Афганистане революции в 1979 году и образования Демократической Республики Афганистан бежал в Пакистан, где им было создано «Движение исламской революции Афганистана» (ДИРА).
