Во время войны Роз он отдал свои симпатии Ланкастерам (так как Мортон был братом Перси, герцога Нортумберлендского, у которого были напряжённые отношения с Йорками), в результате чего все их неудачи неминуемо затрагивали и его тоже. Несмотря на это, король Эдуард IV относился к нему хорошо и использовал его талант на дипломатическом поприще.
В 1474 года Мортон стал архидиаконом Винчестера и Честера, в 1479 году — епископом Эли. После смерти Эдуарда IV он принял участие в заговоре Гастингса против Ричарда III. (В заговоре также принимала участие Джейн Шор, фаворитка Эдуарда IV, но её роль скорее всего сводилась к тому, что она была курьером между заговорщиками.) Сам Мортон утверждал, что 13 июня 1483 года в Тауэре, во время встречи лордов, Ричард неожиданно подозвал в комнату своих вооружённых людей. После этого Гастингс был арестован и казнён на первой попавшейся плахе.
Но существует и другая версия этих событий — хроники показывают, что Гастингса арестовали, содержали в тюрьме и судили, после чего казнили в полном соответствии с законом. Самое интересное, что Мортон также был арестован, но вскоре отпущен по приказу самого Ричарда. Именно Джон Мортон стал автором положений, в которых говорится, что:
