Поддерживаемый сенатом, Михаил отказался исполнить это требование, и во главе управления поставил своего дядю Ефрема Обреновича и Георгия Протича. Вучич и Петрониевич, пользуясь последовавшим повышением податей, волновали народ. Молодой князь колебался, переносил столицу из Белграда в Крагуевац и из Крагуеваца в Белград и все-таки ничего не мог поделать. В 1842, не пожелав отдаться под защиту турецкого гарнизона в Белградской цитадели, как это советовал русский консул, Михаил бежал от восставших сторонников Карагеоргиевичей, уже занявших Белград, за границу. С тех пор он жил преимущественно в Вене, где много работал над своим ранее весьма скудным образованием.
С восстановлением на троне его отца Милоша (1859), Михаил вернулся в Сербию, а после смерти отца вновь вступил на престол (1860). Он усиленно работал над подготовлением полной независимости Сербии и над введением ее в круг европейских держав. После бомбардирования Белграда турками (1862) он добился очищения сербских крепостей от турецких гарнизонов. Князь приобрел значительную популярность, но во многом утратил ее в 1867—1868 вследствие политики, робкой по отношению к Турции и двусмысленной по отношению к Болгарскому легиону, сформированному в Белграде. Михаил был женат на венгерской графине Юлии Хуньяди, с которой развелся (1865). Брак их был бездетен. Он усыновил и сделал наследником Милана, сына своего двоюродного брата. Михаил III Обренович был убит в Топчидере близ Белграда в 1868 сторонниками Карагеоргиевичей, которым не удалось воспользоваться плодами убийства. На главной площади Белграда Михаилу был поставлен памятник.
