Семья
Его родители принадлежали к духовному званию, по словам самого святителя, «я родился в мир сей от благочестивых родителей и воспитан ими в непорочном благочестии Восточной Церкви, в православной вере». Был женат, имел сына.
Монах и игумен
В сорок лет Михаил овдовел. В 1663 году был пострижен в монашество с именем Митрофан в Золотниковской пустыни в честь Успения Божией Матери. Митрофан был известен строгой монашеской жизнью, и уже в 1665 году по просьбе братии Яхромского Космина монастыря был поставлен игуменом этой обители. Во время его настоятельства в монастыре был построен новый Спасский храм, который был снабжён всей необходимой церковной утварью.
С 1675 года Митрофан являлся игуменом Унженского Троицкого монастыря, которому покровительствовал царствующий дом Романовых. Под его руководством и в этой обители был сооружён новый храм — каменный Благовещенский с трапезною и колокольней — освящённый в 1680.
В 1677 по поручению Патриарха Иоакима игумен Митрофан обследовал церкви в ветлужских сёлах, а также заменял в храмах Галича и Юрьевца Повольского с уездами старопечатные богослужебные книги на новые. В 1680 году, одновременно с настоятельством в Унженском монастыре, он был назначен десятильником - управляющим Унжненской десятиной, в состав которой входили 94 храма.
Воронежский архиерей
2 апреля 1682 назначен епископом Воронежским, был первым архиереем на вновь учреждённой кафедре. Ранее она входила в состав Рязанской епархии, однако тамошние архиереи не посещали Воронеж и его окрестности, находившиеся на глубокой периферии их обширной епархии. Многие местные жители не испытывали уважения к религии, образовательный уровень пастырей был крайне низок, в регионе было велико влияние старообрядчества, представители которого бежали на тогдашнюю окраину России от гонений. На территории епархии было лишь 182 храма, что не соответствовало её масштабам и постоянно увеличивавшемуся количеству населения. Монастырская жизнь находилась в упадке, во внутреннюю жизнь монастырей часто вмешивались жертвователи-миряне. По словам владыки Митрофана, «у нас место украинское и всякого чину люди обвыкли жить неподвластно, по своей воле» (украинское в данном случае означало окраинное).
В конце авгута 1682 епископ прибыл в свою епархию. В житии святителя Митрофана даётся такая оценка его деятельности в качестве правящего архиерея:
В бытность владыки Митрофана епископом Воронежским были окончательно определены и расширены границы епархии. Вместе ветхого Благовещенского собора в Воронеже был построен новый, каменный пятиглавый, также освящённый к 1692 в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и ставший в то время самым большим зданием города. Число храмов в епархии увеличилось до 239. Были основаны два новых монастыря, один скит преобразован в монастырь. Обители епархии были подчинены архиерейскому надзору, в них была налажена финансовая дисциплина. Епископ принимал меры к повышению нравственного уровня как монашествующих, так и белого духовенства, заботился об их авторитете, защищал священников от притеснений со стороны мирян. Был строгим, но справедливым архипастырем. Активно боролся с влиянием старообрядчества, много проповедовал, открывал в сёлах школы, в которых преподавали знавшие грамоту переселенцы из Малороссии. Много занимался благотворительностью, по словам биографа владыки, «дом его архиерейский был домом прибежища всем скорбящим, странникам гостиница, болящим врачебница, убогим место упокоения».
Епископ Митрофан и царь Пётр I
Епископ Митрофан оказывал поддержку Петру I, который организовал в Воронеже корабельную верфь для строительства флота, участвовавшего в походе на Азов в 1696. В своих проповедях он поддерживал это начинание царя, как правящий архиерей содействовал строительству кораблей, жертвовал крупные суммы на кораблестроение, считал возможным заимствовать с Запада технические знания. Царь, в свою очередь, с уважением относился к святителю, для некоторых воронежских обителей им по ходатайству епископа Митрофана были уменьшены государственные повинности (что было нехарактерно для Петра I, но объяснялось его хорошими отношениями с владыкой).
