Депутат парламента Цюриха в 1983—1991, в 1990—1991 его председатель. Депутат Национального совета Швейцарии с 1991. Член Федерального совета, начальник департамента обороны, гражданской защиты и спорта Швейцарии с 2009. Член Швейцарской народной партии, ее председатель в 1996—2008. Его избрание в Федеральный совет сопровождалось многочисленными скандалами. Кандидатура Маурера, имеющего репутацию националистически ориентированного политика, вызвала возражение со стороны либерально ориентированной общественности. Однако, с минимальным количеством голосов, требующихся для избрания, прошел в Федеральный совет, как член партии, имеющей самое большое представительство в нынешнем парламенте страны. Изначально Швейцарская народная партия выдвигала кандидатуру Маурера напару с Кристофом Блохером, однако, последний из-за своей репутации радикального националиста, не смог попасть в состав Федерального совета.
С 1 января 2012 — вице-президент Швейцарии.
