Семья и образование
Родился в дворянской семье, принадлежавшей к грекокатолическому вероисповедованию. Жена — Климента Фёдоровна, урождённая Еловецкая, умерла в 1864. В семье было двое сыновей.
Окончил четырёхклассную немецкую школу в Галиче, получил среднее образование в классических гимназиях в Станиславове и Бучаче. После окончания гимназического курса поступил в университет. Окончил философский факультет в Черновицах, получил богословское образование во Львове и Вене.
Греко-католический священник
С 1849 года — учитель педагогических курсов во Львове.
С 20 декабря 1850 года — священник приходской грекокатолической церкви Львовской архиепископии в Бучаче.
С 1851 года — законоучитель гимназии в Тернополе.
С 1859 года — учитель русского языка в академической гимназии во Львове.
С 1862 года — законоучитель немецкой гимназии в том же городе.
В молодости занимался литературой, автор трагедии «Немира», опубликованной в первой русской газете в Австрии «Зоря галицкая», и исследования о певце Бояне (персонаже «Слова о полку Игореве»), напечатанного в венской газете «Вестник». Также написал ряд богословских работ, получивших широкую известность — в них содержалась защита восточного богослужебного обряда. Среди его трудов: «Нравственное богословие» (1857), «Литургика» (1862 и 1863), «Сто образков» (сто примеров из природы для чтения юношества) (1865). В 1865—1866 издавал во Львове народную религиозно-нравственную газету «Неделя».
Деятельность в России
В конце 1866 по приглашению Правительственной комиссии народного просвещения в Польше переселился в Россию, где его хорошо знали как священника, симпатизировавшего православию. В том же году был уволен холмский униатский епископ Калинский, и духовная консистория взяла курс на изъятие из богослужения латинских элементов и переход в проповедях с польского на русский язык. Активным проводником этой политики, означавшей постепенную подготовку к отказу от унии, и стал о. Маркелл Попель.
С января 1867 — законоучитель Холмской гимназии и преподаватель литургики и нравственного богословия в Холмской грекокатолической духовной семинарии. Осенью того же года посетил приходы на Подляшье, отказавшиеся выполнять распоряжения консистории, и убеждал их в том, что речь идёт не о нововведениях, а о восстановлении старых обрядов и обычаев.
С 1868 — старший протоиерей при Холмском кафедральном соборе и референт Холмской униатской духовной консистории. Принял российское подданство. После назначения новым холмским епископом нерешительного Михаила Куземского оказывал значительное влияние на управление епархией, стал епархиальным экзаменатором по церковной истории и церковному праву для священников, подвергавшихся испытанию по богословским предметам для получения места настоятеля прихода, а также председателем комитета по возобновлению Холмских епархиальных учреждений.
С 16 марта 1871, после увольнения Куземского, о. Маркелл был назначен администратором Холмской епархии. 2 октября 1873 издал распоряжение о повсеместном восстановлении православного обряда, который был принят 240 приходами на Подляшье из 266. Остальные приходы отказались подчиниться администратору и были поддержаны Папой Пием IX, издавшим 23 мая 1874 буллу, в которой назвал протоиерея Попеля «ложным церковным правителем, не достойным церковного сана» и обвинил его во введении в епархии схизматической (православной) литургии и в том, чтобы он побуждал грекокатоликов не подчиняться папской власти. Однако о. Маркелл продолжил свой курс на включение униатов в состав православной церкви.
