Закончил колледж Виктории и семинарию в Стелленбосе, в 1900—1905 изучал теологию в Утрехтском университете, после чего начал служить в различных приходах Капской колонии, принадлежавших Нидерландской реформистской церкви. Малан был одним из лидеров националистического движения за развитие африкаанса в Капской колонии, и в 1915 стал редактором газеты «De Burger», после чего сложил сан. В том же году он был избран провинциальным лидером Национальной партии Джеймса Герцога, а в 1918 — членом парламента. После прихода Национальной партии к власти Малан в 1924—1933 занимал пост министра внутренних дел, образования и здравоохранения, зарекомендовав себя на этом посту ярым сторонником независимости от Великобритании, урезания прав небелого населения и развития африкаанса — в 1925 году он был одним из инициаторов замены названия официального государственного языка в конституции с нидерландского на африкаанс. В 1933 в знак протеста против образования коалиционного правительства с юнионистами Смэтса Малан подал в отставку, а после учреждения Герцогом и Смэтсом Объединённой партии в 1934 вместе с 19 другими парламентариями от Национальной партии образовал Очищенную Национальную партию (африкаанс Gesuiwerde Nasionale Party), ставшую основной оппозиционной силой.
В качестве лидера оппозиции Малан подвергал жёсткой критике активную международную политику Смэтса и участие страны во Второй мировой войне. В 1948 Национальной партии удалось одержать победу на парламентских выборах, и Малан возглавил правительство. На посту премьер-министра Малан проводил крайне расистскую политику — в 1949 были запрещены межрасовые браки, в 1951 для не белого населения запрещено владение собственностью вне специально отведённых зон, в 1951 введено раздельное голосование. Действия Малана заложили основы для построения апартеида. Малан также стремился к ограничению иммиграции в страну, удлинив процедуру получения гражданства для приезжающих с полутора до пяти лет и отменив обязательное изучение английского языка. В 1954 Малан ушёл в отставку и умер пять лет спустя. Преемником его на посту премьер-министра был избран Йоханнес Стрейдом, занимавший ещё более жёсткую позицию. Незадолго до смерти Малан выпустил книгу Afrikaner Volkseenheid en my ervaringe op die pad daarheen (Африканерский национализм и моя дорога к нему).
