Коттон заинтересовался старинными манускриптами во время обучения в Кембридже, где попал под влияние Уильяма Кэмдена. Привлечённые его книгами, в вестминстерский особняк Коттона стремились попасть учёнейшие люди Англии. Король Яков I пожаловал его в рыцари, а потом и в баронеты. Фактически он стал первым баронетом Нового времени.
В 1601 г. Коттон избрался в парламент и принялся ссуживать свои книги другим депутатам. Радикалы вроде Джона Пима стали собираться в его доме и использовать его познания для написания антиправительственных трактатов. Некоторые из них циркулировали под именем Коттона.
Окружение Карла I, будучи встревожено деятельностью Коттона, постановило конфисковать его библиотеку, а самого его заключить под стражу (1629). Его вскоре выпустили, однако библиотеку смог вернуть себе только его сын.
Среди жемчужин Коттоновской библиотеки — Евангелие из Линдисфарна и единственный список «Беовульфа», а также сильно пострадавшая от пожара греческая иллюстрированная Книга Бытия VI века.
Коттоны продолжали расширять собрание в течение всего XVII века, а в 1700 году пожертвовали его государству.
