Отец его был якутский казак, а дед был туда сослан в числе пленных поляков, взятых во время войн Алексея Михайловича. Козыревские происходили из белорусской шляхты Могилёвского воеводства.
В 1701 Козыревские — отец и сын — посланы якутским воеводой Траурнихтом на Камчатку для приведения жителей в подданство России. В 1708 году отец, Пётр Козыревский, был ими убит.
В 1711 году Иван, вместе с казаком Данилом Анцыферовым, затеяли бунт против властей, в ходе которого, был убит известный мореход Атласов. Чтобы умилостивить власти, Козыревский с товарищами усмирил непокорных камчадалов, построил Большерецкий острог, отправился на Курильские острова и привёл часть населения в подданство России.
В 1713 якутский воевода поручил Козыревскому проведать о Камчатском носе, о соседних Камчатке островах и о Японии, стараясь завязать с последней торговлю. Поручение им было исполнено, судя по его донесениям, успешно. Тогда же он построил на реке Камчатке пустынь для беспомощных, престарелых и раненых, молитвенный дом во имя Успения Богоматери и монастырь, в котором сам постригся.
В 1718 стал главой православной церкви на Камчатке.
В 1720 году Козыревский приехал в Якутск, откуда хотел отправиться в Москву, но был задержан архимандритом Феофаном и определён в Покровский монастырь строителем. Затем Феофан, уезжая в Тобольск, перевёл Козыревского, помимо его желания, в Спасский монастырь строителем же и синодальных дел заказчиком. Козыревский жаловался воеводской канцелярии, причём подробно перечислял результаты своих путешествий.
В 1726 им была выполнена карта Камчатки. В 1728 Козыревский был назначен руководителем экспедиции, во главе которой доплыл из Якутска до устья реки Лены.
Жалоба Козыревского, вероятно, подействовала, так как в 1730 его вытребовали в Москву, где он подал обстоятельные известия о Камчатке и Японии. Известие о заслугах Козыревского было напечатано в «СПб. Ведомостях» 1730 года (26 марта) и, по свидетельству Миллера («Сочинения и переводы, к пользе служащие», 1758, апрель), тогда же было переведено иностранными журналами.
В знак признания его заслуг, он вновь был определен главой церкви на Камчатке, но митрополит Тобольский пожаловался на бегство Козыревского и вновь напомнил об убийстве Атласова. В результате новой жалобы, было начато новое расследование, допросы и пытки, Ему был вынесен смертный приговор. И. П. Козыревский умер в тюрьме перед казнью.
