Согласно житию, Исидор был родом из Александрии, происходил из христианской семьи. Состоял в родстве с Феофилом Александрийским. В юношеские годы Исидор удалился на Пелусиотскую гору, где жил пустынником, подражая Иоанну Крестителю. Во время путешествия в Константинополь познакомился с Иоанном Златоустом и стал его учеником, посвятив себя христианской проповеди.
В своих посланиях он обращается с наставлениями к воинам, монахам и высокопоставленным лицам духовным. Порицал арианство. Его послания, сохранившиеся в большом количестве (более 2000), начали издаваться уже с XVI века. Труды Исидора включены в 78-ой том Patrologia Graeca. Святой Исидор был сторонником почитания мощей, о чём писал:
Исидор выступал в защиту Иоанна Златоуста во время гонения на него императрицы Евдокии. После смерти святителя Иоанна Исидор убедил Феофила, архиепископа Александрийского, включить имя Иоанна в диптихи для поминания как исповедника. Исидор во время обострения споров с несторианами писал императору Феодосию II и убедил его созвать Третий Вселенский Собор для решения этого вопроса.
Исидором были перенесены из Египта в Писидию (Малая Азия) мощи преподобных Паисия Великого и Павла Фивейского.
