По происхождению еврей. С 1681 года был игуменом Кирилловского монастыря, принимал деятельное участие в религиозных и политических событиях на Украине в конце XVII века. Сохранились его письма к гетману Мазепе и другим лицам.
В 1689 году Иннокентий, по поручению киевского митрополита, написал книгу о пресуществлении святых Даров. Это сочинение было направлено против Лихудов и написано в резком полемическом тоне. По поводу религиозных разногласий украинцев с русскими по вопросу о времени пресуществления святых Даров Иннокентий ездил в Москву и участвовал в диспутах.
В годы его игуменства значительно увеличились монастырские земельные владения, также в подчинении Кирилловского монастыря оказался Ржищевский Преображенский монастырь со всеми его землями. Это было время наивысшего расцвета Кирилловского монастыря, только Киево-Печерская Лавра превосходила его славу.
Умер в 1697 году.
