Родился 14 апреля 1840 в Киеве в дворянской семье. От рождения у него был один физический недостаток — мальчик был нем; но Господь не оставляет своих избранников, что можно увидеть на примере преподобного.
В 1853 году, на Пасху, после окончания праздничного богослужения, Владимир Шепелев вместе с матерью подошёл поклониться кресту, который держал митрополит Киевский Филарет. Владыка неожиданно велел юноше поцеловать архиерейский жезл. Когда Владимир с благоговением сделал это, митрополит Филарет громко произнес: «Христос Воскресе!» Но мальчик не ответил. Владыка повторил свое приветствие — ответа снова не было. Тогда святитель третий раз сказал: «Христос Воскресе!» И он радостно ответил: «Воистину Воскресе!». С этого времени Владимир начал говорить.
2 июля 1853 года Владимир Шепелев, в возрасте 13 лет, пришёл в Киево-Печерскую лавру, сначала как послушник митрополита Филарета. Зимой Владимир был в Лавре, а летом с владыкой выезжал в Голосеевской пустыни.
15 апреля 1857 года духовный собор причислил Владимира Шепелева в число действительных послушников Лавры.
В 1872 году, в Великий четверг — пострижен в монашество с именем Алексей.
30 апреля 1891 года его перевели в лаврской Спасо-Преображенской пустыни, а до этого провел в Киево-Печерской Лавре 38 лет. В Преображенской пустыни отец Алексей прожил четыре с половиной года. Вспоминая этот период, он говорил своим современникам: «Это было лучшее время в моей жизни. Я там всегда помнил о смерти». А напоминало ему о последней час человеческой жизни братское кладбище, находящееся на территории пустыни.
15 ноября 1895 года монах Алексий был переведен в Голосеевской пустыни послушание ключаря. Вместе с тем его назначили духовником лаврской братии. В Голосеевской пустыни преподобный Алексей провел 21 год — здесь, в марте 1917 года он скончался и был похоронен.
В 1993 году в Голосеевской обители Алексий был причислен к числу местночтимых святых Украинской православной церкви.
