Образование и монашество
Родился в крестьянской семье. Окончил приходское и духовное училища в Томске, служил в церковно-приходской школе при Красноярском Знаменском монастыре, одновременно учился в Красноярской духовной семинарии; в 1915 сдал экзамены за четвёртый класс, но дальше не смог учиться из-за нехватки средств. Окончил Томскую духовную семинарию.
29 сентября 1915 пострижен в монашество, 11 октября 1915 рукоположён во иеродиакона. С апреля 1917 — иеромонах, служил при Томском архиерейском доме, был келейником архиепископа Томского и Иркутского Анатолия (Каменского).
С 1920 служил в Иркутске, в 1922 был арестован по обвинению в контрреволюционной деятельности, после трехмесячного тюремного заключения освобождён. В 1922—1923 — настоятель Александро-Невского монастыря Бугульминского уезда Самарской губернии.
Епископ
С 1 января 1924 года — епископ Бугульминский, викарий Самарской епархии.
С 13 марта 1924 года — епископ Петропавловский, викарий Омской епархии.
12 апреля 1925 года подписал акт о передаче высшей церковной власти митрополиту Петру (Полянскому).
В 1925 года — епископ Семипалатинский, викарий Омской епархии;
В 1925 года около двух месяцев управлял Екатеринбургской епархией;
С октября 1925 года — епископ Велижский, временно управляющий Минской епархией;
С февраля 1926 года — епископ Козловский, викарий Тамбовской епархии. В том же году в течение шести месяцев находился в Бутырской тюрьме Москвы;
28 февраля 1927 года был назначен управляющим Воронежской епархией с титулом епископа Козловского. Едва появившись в Воронеже, епископ Алексий сразу же привлёк внимание чекистов, на него стали собирать компрометирующие материалы.
Деятель «иосифлянского» движения
В январе 1928 года открыто выступил против Декларации митрополита Сергия (Страгородского), предусматривавшей далеко идущие уступки советской власти. Признал своим «высшим духовным руководителем» митрополита Иосифа (Петровых). В своём послании заявил:
В ответ митрополит Сергий и его Временный Синод объявили о предании епископа Алексия архиерейскому суду, запретили его в служении и уволили на покой. Этих решений не признал, получил поддержку значительной части приходов епархии. Всего в юрисдикции епископа Алексия осталось более 80 приходов, а центром «иосифлянского» движения в епархии стал Алексеевский Акатов мужской монастырь в Воронеже. По мнению историка Михаила Шкаровского, общая численность «буевского» (то есть ориентированного на епископа Алексия) духовенства доходила до 400 человек, движение охватило около 40 районов Центрально-Чернозёмной области. В мае 1928 епископ Алексий был выслан из Воронежа в Елец.
Заключение в тюрьмах и лагерях
7 марта 1929 года был арестован, во время обыска «вёл себя дерзко и вызывающе, всячески иронизировал над сотрудниками» ОГПУ. 17 мая 1929 года был приговорён Особым совещанием при коллегии ОГПУ к трём годам лишения свободы. Срок заключения отбывал в Соловецком лагере особого назначения, где участвовал в тайных богослужениях «иосифлян».
Находясь в лагере, сохранял высокий авторитет среде верующих епархии. Кроме того, власти опасались влияния сторонников епископа Алексия во время протестов крестьянства против коллективизации. В феврале 1930 года были арестованы 134 человека, обвиненные в участии в контрреволюционной церковно-монархической организации, которую якобы возглавлял владыка Алексий. Сам епископ был арестован на Соловках и этапирован в Воронеж. Отказался признавать себя виновным, однако некоторые проходившие по делу священнослужители дали признательные показания и подтвердили их в ходе очных ставок. После этого епископ Алексий частично признал свою вину.
