Изучал медицину в Монпелье с 1760 по 1764 год. После получения диплома получил кабинет в Лионе. В свободное время собирал гербарий местной флоры. Основал ботанический сад в квартале Бротто, который по причине неумелой администрации пришёл в негодность.
По просьбе Антония Тизенгауза в 70-х годах XVIII приехал в Гродно для организации врачебной школы. Здесь он основал ботанический сад, который стал одним из лучших в Европе в конце XVIII века, открыл в 1775 г. первое высшее учебное заведение на территории современной Белоруссии — Медицинскую Академию. При академии работала аптека (ныне гродненская аптека-музей), рядом с которой находился аптекарский огород и возделывались лекарственные и пряно-ароматические растения.
Ж. Э. Жилибер вместе со своими учениками изучал природу Белоруссии и Литвы, собирал гербарий в окрестностях Гродно, Бреста, Белостока, Несвижа, Новогрудка, Вильно. Результатом этого явился труд «Flora lithaunica inchoata», в одном из разделов которого Жилибер даёт описание 95 видов лекарственных растений, приводит сведения о времени их цветения, обсуждает лекарственные свойства трав и применение их в быту.
Преподавал в Главной виленской школе.
Написал статьи:
- Flora lithaunica inchoata (1781),
- Indigatores Natur? in Lithuania (1781),
- Exercitium botanicum in Schola principe Universitatis Wilensis peractum (1782),
- Exercitia phytologica (1792).
Вернулся в Лион в 1783. Во время Великой французской революции был арестован якобинцами за принадлежность к жирондистам в 1793 году. В том же году освобожден.
В честь Жана Эммануэля Жилибера назван главный гродненский городской парк — Парк Жилибера, который расположен на месте сада, заложенного учёным. В начале XXI века у центрального входа в парк установлена бронзовая скульптура французского учёного.
Его именем был назван род растений Gilibertia Ruiz & Pav. семейства Аралиевые (Araliaceae), в современной номенклатуре называемый Dendropanax Decne. & Planch..
