В 1964 году он был в первый раз избран на двухлетний срок в качестве мэра Сан-Сальвадора (этот пост он занимал еще два раза). Основной целью его администрации было создание новых школ и обеспечение таких необходимых услуг как освещение улиц, канализационные системы и мусорные коллекторы.
На выборах 1972 года Дуарте баллотировался на пост президента. Когда его избрание на высший пост было почти явным, военные приостановили ход кампании и объявили победителем полковника Артуро Молину.
По сообщениям радиостудии, поддерживавшей переворот, Дуарте был арестован военными. Ему отрезали три фаланги пальцев руки; его били по лицу прикладами винтовок так долго, что правая сторона его челюсти была раздроблена, и он почти потерял один глаз. Через некоторое время Дуарте был изгнан из страны и провел более семи лет в Венесуэле.
В 1980 году он вернулся в Сальвадор во время гражданской войны, присоединился к военно-гражданской хунте и стал ее президентом. Дуарте не смог прекратить зверские репрессии армии и полиции против населения во время пребывания на посту президента, которые были причиной смертей десятков тысяч людей. Идеалистически настроенный Дуарте, критикуемый в потакании режиму террора, отвечал, что эти действия могли бы быть намного хуже, не будь он главой государства.
В мае 1982 года Дуарте был вынужден уйти в отставку после сдвига баланса политических сил вправо. Однако уже через два года, на выборах в мае 1984 года, он победил представителя правых экстремистских сил Роберто Д'Обюссона и стал первым в истории страны демократически избранным президентом за последние 50 лет.
На этом посту Дуарте предпринял ряд мер по стабилизации экономики страны, прекращению войны, используя значительную финансовую помощь со стороны Соединенных Штатов Америки. Несмотря на это ему не удалось передать большую часть земельных угодий страны в руки крестьян (это было одной из основных целей его президентского срока) и положить конец действиям отрядов убийц (с помощью угроз, обещаний безопасности и т.п.), с которыми у власти складывались непростые отношения.
В 1989 году Дуарте оставил свой пост. Через несколько месяцев, 23 февраля 1990 года, он умер от рака.
