Семья и образование
Родился в семье крестьянина Кирилла Абрамовича Чукова, в конце 1860-х годов переехавшего в Петрозаводск, где держал собственную гостиницу, и «переписавшегося» в мещане (скончался в 1889 году). В 1876 году был отдан в частную школу О.В. Воскресенской, где обучалось около 20 мальчиков и девочек. Учился в гимназии (1878—1884). В начале 1880-х прислуживал в алтаре Петропавловского собора Петропавловска; был под впечатлением от прибывшего 10 марта 1882 года вновь назначенного епархиального архиерея Павла (Доброхотова), что побудила его стать на путь церковного служения.
В августе 1884 года я перешёл в Олонецкую духовную семинарию, которую окончил в июне 1889 года и был определён на должность надзирателя за учениками и эконома при общежитии Петрозаводского духовного училища, где проработал до 2 сентября 1891 года. В конце лета того же года поступил и в 1895 году окончил Санкт-Петербургскую духовную академию со степенью кандидата богословия. Магистр богословия (защитил диссертацию в 1926, утверждён в степени в 1927; тема диссертации: «Мессианские представления иудеев по Таргуму Ионафана, сына Узиелова»). Доктор богословия.
Деятельность в Карелии
После окончания семинарии был вынужден отложить поступление в академию из-за тяжёлого материального положения семьи. В 1889—1891 — надзиратель и эконом Петрозаводского духовного училища. С сентября 1895 — наблюдатель церковно-приходских школ и школ грамоты Олонецкой епархии. Вступил в должность, когда школьное дело в епархии находилось в упадке. В результате его деятельности в течение пятнадцати лет количество школ, а следовательно и учащихся увеличилось в два раза, в два с половиной раза увеличился контингент учителей, а средства на содержание школ в шесть раз. В епархии были открыты 308 библиотек с общим количеством книг более 55000 томов. Для взрослого населения при школах были введены воскресные чтения.
С апреля 1897, одновременно, священник кафедрального собора Петрозаводска. С мая 1907 — протоиерей. О. Николай Чуков принимал активное участие в различных общественных благотворительных и просветительных организациях, участвовал в деятельности Православного Карельского братства, в 1909—1917 был председателем его Олонецкого совета. Был близок к русским националистам, выступавшим против увеличения финского влияния в Карелии. В течение 17 лет представлял духовенство в олонецком губернском земстве, дважды избирался кандидатом в члены Государственного совета от белого духовенства. С 1906 — член, с 1910 — председатель совета Олонецкого епархиального женского училища,
С 3 февраля 1911 по 1918 — ректор Олонецкой духовной семинарии. Ревизор Учебного комитета при Св. Синоде П. Ф. Полянский (позднее — митрополит Петр (Полянский)) писал в 1915 о деятельности о. Николая Чукова: «Нынешний ректор, будучи начальником солидным, авторитетным и заботливым, сумел и на воспитанников повлиять благотворно, вселив в них любовь к благолепию церковной службы».
Был известен своими широкими взглядами — так, любил бывать в театре, и, занимая одно из самых видных мест в первых рядах партера, давал понять, что не видит в этом ничего предосудительного (многие церковные деятели в те годы очень негативно относились к театральному искусству, считая его несовместимым с христианским благочестием).
Как и большинство образованного духовенства того времени, приветствовал падение монархии в марте 1917 года; выступал в печати за сохранение религиозного образования в государственной школе; 24 июня того же года Олонецким Общим епархиальным съездом духовенства и мирян был избран председателем Олонецкого епархиального училищного совета, а также представителем от духовенства на Губернское Земское собрание.
В 1918 голу дважды арестовывался в Петрозаводске, после второго ареста был выслан из Олонецкой губернии, переехал в Петроград.
Деятельность в Петрограде
В 1919—1920 — настоятель Петропавловской церкви Петроградского университета. С декабря 1920 — настоятель Казанского собора. В 1920 был избран ректором Петроградского богословского института, преподавал в институте христианскую педагогику с дидактикой Закона Божия. Являлся товарищем председателя правления Общества православных приходов Петрограда и его губернии.