Александр Федорович фон Гойнинген-Гюне происходил из Эзельской ветки прибалтийского баронского рода Гойнинген-Гюне, предок которого Иост переселился во второй половине XV века в Лифляндию из графства Маркского (Вестфалия).
Окончил курс в Императорском училище правоведения.
24 января 1869 г. был назначен Симбирским гражданским губернатором. К исполнению обязанностей приступил 5 февраля 1869 г. 30 апреля 1869 г., в числе 11 губерний, в Симбирской губернии открылись мировые судебные установления и Симбирский уезд мировых судей. 1 сентября 1869 г. в губернии учрежден институт инспекторов народных училищ. Первым инспектором на всю губернию был назначен Илья Николаевич Ульянов.
16 октября 1869 г. губернатор получил назначение на должность управляющего делами Его Императорского Величества канцелярии по учреждениям императрицы Марии. Судя по журналам присутствия исполнял обязанности губернатора до 5 февраля 1870 г.
