В девятнадцать лет отрёкся от престола. В 1221 году вместе в группой недовольных политикой бакуфу феодалов предпринял попытку государственного переворота, целью которого было восстановление реальной императорской власти, но потерпел неудачу (смута годов Сёкю). Был сослан на остров Оки, где и умер.
В 1201 году приказал составить новую императорскую поэтическую антологию, которую, по его предложению, назвали «Синкокинвакасю» («Снова составленная Кокинсю»). Его наставником в поэтическом творчестве был Дзиэн. По его инициативе было составлено ещё несколько поэтических антологий и проведен ряд поэтических состязаний. Славился также своим музыкальным дарованием и кузнечным мастерством.
Литературное наследие императора состоит из нескольких поэтических сборников, в том числе домашней антологии «Готоба-ин госю»), дневника «Готоба-ин синки», поэтического трактата «Секреты экс-императора Го-Тоба» («Готобаин гокудэн»)и трактата, посвящённого описанию дворцовых обычаев, «Сэдзокусэнсинхиссё».
