В 20 лет Гебуза вступил в ФРЕЛИМО, партию, боровшуюся вооружённым путём за независимость Мозамбика от Португалии. После победы, одержанной в 1975, он стал одним из лидеров ФРЕЛИМО, членом её Политбюро и министром внутренних дел, издав печально известный приказ 24 20, извещавший некоторых португальцев о необходимости покинуть страну в течение 24 часов, взяв с собой не более 20 кг багажа. В 1980-е Гебуза курировал непопулярную программу переселения безработных жителей городов в сельские районы севера страны. После гибели первого президента Мозамбика Саморы Машела в катастрофе самолета в ЮАР Гебуза стал одним из десяти членов совета, замещающего президента и руководителем не пришедшей ни к чему определённому комиссии по расследованию обстоятельств трагедии. Представлял ФРЕЛИМО на мирных переговорах с партизанами РЕНАМО в Риме, закончившихся подписанием мирного соглашения 4 октября 1992. В период перехода к многопартийной системе представлял правительство Мозамбика в совместной Комиссии по совместному наблюдению и контролю, высшему органу наблюдения за этим процессом. Удачливый бизнесмен после разрешения частной экономической деятельности в Мозамбике. В 2002 избран генеральным секретарём Фрелимо и кандидатом от неё в президенты. В декабре 2004 избран президентом, хотя выборы были признаны[кто?] несвободными, и в 2005 сменил Жоакима Чиссано.
28 октября 2009 был всенародным голосованием переизбран на второй пятилетний срок.
