Начальное образование получил в тифлиской школе Нерсисян, затем в эчмиадзинской семинарии Геворкян. Учился в Московском и Лозаннском университетах, а также в Сорбонне. Преподавал в Шуши, Тифлисе, Кагызване, Агулисе. В 1913 издавал в Тифлисе журнал «Нор осанк», затем газету «Оризон» (совместно с А. Джамаляном). В 1914 Агбалян был избран членом Национального бюро. Неоднократно посещал Западную Армению, занимался вопросами оказания помощи беженцам. Член партии Дашнакцутюн.
После провозглашения независимости Армении депутат парламента, в 1919—1921 гг. министр просвещения и культуры. С установлением в Армении Советской власти в феврале 1921 г. был арестован, бежал в Иран. Затем жил в Египте и (с 1930 г.) в Ливане, возглавлял семинарию Ншан Паланджян, занимался научной, литературной и педагогической деятельностью. Автор литературоведческих трудов, наиболее известный из них - «История армянской литературы» (1947).
В современной Армении имя Агбаляна носит студенческий союз партии Дашнакцутюн, школа №19 г. Ереван и школа в селе Уши Арагацотнской области.
