Ранние годы
Родился 1 февраля 1923 года в городе Нуха (Шеки) Азербайджанской Республики в семье врача. В 1930 году семья Агагусейновых переехала в Баку и в том же году он пошёл в школу № 1. В 1940 году по окончании школы Тофик Агагусейнов поступил на энергетический факультет Азербайджанского индустриального института.
Великая Отечественная война
После начала Великой Отечественной войны 29 сентября 1941 года добровольно вступил в ряды Красной Армии и был направлен в Бакинское училище зенитной артиллерии. В октябре 1942 года по завершении ускоренного курса подготовки лейтенант Агагусейнов был назначен командиром взвода управления 2-й батареи 160-го отдельного зенитно-артиллерийского дивизиона в Архангельске. В задачу его взвода входила воздушная разведка противника, прикрытие портовых сооружений и военных объектов от налета авиации противника. Участвовал в отражении налетов вражеской авиации на Архангельск и Северодвинск. Прикрывал от атак с воздуха места разгрузки транспортных конвоев союзников. В начале 1944 года назначен помощником начальника штаба дивизиона.
В 1944 году 160-й отдельный зенитно-артиллерийский дивизион был передислоцирован на 1-й Белорусский фронт, где вошёл в состав 5-го корпуса ПВО. Участвовал в Висло-Одерской и Берлинской операциях.
Послевоенные годы
В 1945 году назначен помощником начальника штаба, в задачу которого входила организация охраны вооружения расформированного 5-го корпуса ПВО. В октябре 1946 года назначен командиром батареи зенитного дивизиона в Вильнюсе, а с 1947 года проходит службу в зенитно-артиллерийском полку в Баку. С сентября 1949 по 1954 год слушатель командного факультета зенитной артиллерии Военной Академии имени Ф. Э. Дзержинского. По завершении учёбы в звании майора получил назначение на должность командира зенитно-артиллерийского дивизиона в городе Баку. С 1955 года офицер отдела боевой подготовки артиллерии в штабе Бакинского округа ПВО. В 1956 году ему присвоено звание подполковника.
С 1957 года заместитель командира, с 1960 по 1964 год командир зенитно-ракетного полка. С 1960 года — полковник.
С 1964 по 1967 год заместитель командира, а с 1968 по 1969 годы командир 10-й дивизии ПВО в городе Волгограде. 3 февраля 1968 года Т.Агагусейнов был произведен в генерал-майоры, а дивизия была награждена орденом Красного Знамени.
В августе 1969 года Т.Агагусейнов был назначен командиром 12-го корпуса ПВО в городе Ростов-на-Дону. В конце 1972 года был произведен в генерал-лейтенанты. 7 июня 1975 года генерал-лейтенант Агагусейнов был назначен членом Военного совета и первым заместителем командующего войсками Бакинского округа ПВО. С 5 апреля 1980 года исполнял обязанности командующего округом. Границы ответственности округа охватывали территорию Туркмении, Азербайджана, Армении, Грузии, далее по Чёрному морю до Ростова и Мариуполя. С севера зона ответственности шла по городам Ростов, Волгоград, Уральск и Ашхабад. Этот район прикрывался тремя корпусами и двумя дивизиями ПВО. В Волгограде и Красноводске стояли дивизии ПВО, в поселке Аляты около Баку, городе Тбилиси и Ростове располагались части корпусов ПВО.
6 мая 1980 года Тофику Агагусейнову было присвоено звание генерал-полковника и он был назначен командующим ПВО Закавказского военного округа. 15 мая 1980 года Бакинский округ ПВО был расформирован.
24 декабря 1981 года приказом министра обороны СССР генерал-полковник Т. Я. Агагусейнов был назначен представителем Главнокомандующего Объединенными Вооруженными Силами государств-участниц Варшавского договора при командующем ПВО Чехословацкой народной армии. В этой должности он прослужил пять лет. В 1987 году, по выслуге лет, генерал-полковник Тофик Агагусейнов был уволен в запас.
Служба в Национальной армии Азербайджанской Республики
В 1992 году ген.-полковник Тофик Агагусейнов был внештатным советников президента Азербайджана по военным вопросам. 21 апреля 1997 года Т. Я. Агагусейнов был вновь призван на военнйю службу в Национальной армии Азербайджанской Республики и назначен на вновь учрежденную должность помощника Президента Азербайджанской Республики по военным вопросам. В этой должности он прослужил до 2002 года.
Награды
Генерал-полковник Тофик Якуб оглы Агагусейнов награждён орденами Октябрьской Революции, Отечественной войны I степени, тремя орденами Красной Звезды, орденом Красной Звезды Чехословацкой Республики, орденом «Шохрат» (Слава) Азербайджанской Республики, 25 медалями.
