Карьера
Клубная карьера
Хуан Мануэль Варгас родился в семье Леонардо и Кармен Варгасов. Однако его детство прошло в обществе бабушки Алехандры, следящей за внуком. С юных лет Варгас играл в футбол со сверстниками на улицах Кальяо и Магдалины, а в возрасте 12-ти лет он пришёл в клуб «Университарио». Однако через год Варгас перешёл в клуб «Депортиво Унион Минас», куда попал по рекомендации Луиса Сальуана, отца одного из ребят. С «Унионом» Варгас совершил поездку по провинции Лимы, где играл с молодежными составами разных клубов, но через несколько лет вернулся в «Университарио», из-за плохого экономического состояния дел «Униона».
Возвращение в «Университарио» состоялось в 1999 году, а через 3 года он дебютировал в «основе» команды, этому поспособствовала тяжёлое финансовое состояние дел клуба, когда игроки начали бастовать из-за невыплаты заработной платы, а потому руководству команды пришлось прибегнуть к помощи игроков из молодёжного состава. Варгас дебютировал за «Универитарио» 24 ноября 2002 года в матче с «Спортиво Сьенсиано», который Университарио проиграл 2:3, однако, несмотря на поражение, Варгас стал одним из лучших игроков встречи, забив мяч на 62-й минуте ударом с 40-ка метров. А в 2003 году Варгас впервые сыграл в кубке Либертадорес, но там «Университарио» проиграл уже на первом раунде соревнования. В 2004 году Варгас стал одним из лучших игроков чемпионата Перу, вследствие чего был вызван в национальную сборную.
В 2005 году Варгас перешёл в аргентинский клуб «Колон», в этой команде Варгас стал основным игроком по исполнению стандартных положений, в особенности штрафных, особенно красивым был его гол в ворота «Боки Хуниорс», принесший «Колону» ничью, после которого боссы «Боки» были настолько впечатлены, что выкупили 10% контракта футболиста. В начале 2006 году, когда «Колон» готовился к Апертуре, Варгасу пришло несколько предложений из Европы, самыми активными были английский «Портсмут» и итальянская «Катания», которая, в результате, и купила футболиста, заплатив за трансфер 3 млн 350 тыс. евро.
В составе «Катании» Варгас дебютировал в товарищеской игре с клубом «Палермо», завершившийся победой «Катании» со счётом 5:1. А в официальном матче Варгас впервые сыграл 1 октября 2006 года в матче Серии А с «Фиорентиной», завершившимся разгромом Катании 0:3. В целом, первый сезон для Варгаса прошёл достаточно ровно, он смог отвоевать место в основном составе у Джанлуки Фальсини, хотя первоначально Варгас покупался, как его дублёр, проведя 33 матча. В следующем сезоне, 31 октября 2007 года, Варгас забил свой первый мяч на итальянской земле, принеся ничью своей команде в матче с «Сиеной», а всего в свой второй сезон провёл 36 матчей и забил 6 мячей, один из которых в 1/8 кубка Италии в ворота «Милана» с 30-ти метров, принесший «Катании» ничью 1:1, позволившую пройти в следующую стадию турнира. А в 23 туре Варгас был включён в «сборную тура». Последний матч за «Катанию» Варгас провёл в матче с «Ромой», завершившийся со счётом 1:1, эта ничья «спасла» Катанию от «вылёта» в Серию B.
После двух хороших сезонов в «Катании» Варгасу «посыпались» предложения от разных клубов, включая «Реал Мадрид», «Рому», «Ювентус», «Барселону» и других. Из множества предложений, Варгас выбрал «Фиорентину», заплатившую за трансфер игрока 12 млн евро, контракт был подписан на 5 лет, 4 июля 2008 года. 6 августа Варгас провёл первую встречу за «Фиорентину» против румынского «Прогресула», а 12 августа Варгас дебютировал в матче лиги чемпионов в матче со «Славией». 31 августа состоялся первый матч Варгаса в футболке «Фиорентины» в Серии А с «Ювентусом», завершившийся вничью 1:1. Свой первый мяч за «фиалковую команду» Варгас забил лишь спустя пол-года, 11 апреля, в ворота «Кальяри», а всего в первом сезоне забил 3 гола.