Из священников в солдаты
Известно, что Ж-Б. Бруссье происходил из небогатой и очень набожной семьи. Отец будущего генерала желал, чтобы сын стал церковнослужителем и нес Слово Божье в массы. Он даже определил его в престижную семинарию, расположенную в городе Туль. Но изучение католических догматов быстро наскучило Жану-Батисту, и он, преисполненный патриотических чувств и обуреваемый жаждой приключений, в 1791 вступил добровольцем в 3-й батальон департамента Мёрт. В том же году (6 сентября) он был назначен капитаном этого подразделения, направленного в Центральную, а затем в Мозельскую армию генерала Бёрнонвиля. 14 декабря 1792 Бруссье получил свое первое ранение в бою под Вавреном.
15 февраля 1794 Жан-Батист в чине командира батальона был переведен в 34-ю полубригаду, воевавшую в составе Самбро-Маасской армии. 20 февраля 1796 его прикрепили к 43-й пехотной полубригаде (дивизия Коло). В конце того же года он временно выбыл из строя из-за тяжелого ранения в голову.
Служба в Неаполе. Губернаторский пост в Милане
В 1797 в составе Итальянской армии Бруссье отличился при взятии города Специя; одним из первых ворвался в укрепления форта Чиуза; у Тарвизио лично пленил австрийского генерала, за что был временно назначен полковником 43-й полубригады (утвержден в звании 29 марта 1797). С 24 октября 1798, находясь при штабе дивизии генерала Дюэма, Жан-Батист принял участие в осаде Цивита дель Тронто (7 декабря) и захвате Пескары. С 1799 Бруссье воевал в Неаполитанской армии, в составе которой отличился при Беневенто (18 января 1799), а также разгромил армию кардинала Руффо и подавил восстание калабрийцев в Апулии, захватив и разрушив до основания Андрию и Трани – главные пункты обороны мятежников.
За боевые успехи на Неаполитанском театре военных действий, при содействии генерала Шампионе, 3 февраля (по некоторым сведениям 15 февраля) 1799 Бруссье получил чин бригадного генерала. Однако уже 19 марта он был ложно обвинен вместе с вышеупомянутым генералом во взяточничестве, смещен с занимаемой должности и лишен звания, которое ему вернули лишь после переворота 30-го прериаля (18 июня 1799).
25 ноября 1799 Бруссье назначили комендантом Валансьена, 29 марта 1800 ненадолго перевели в резерв, а затем вновь направили в Италию в составе дивизии генерала Луазона. 25 мая он занял позицию у форта Бар, 5 июня блокировал Пиццигеттоне, 12 июня форсировал Адду и на следующий день овладел Кремоной. После этого стремительного марша Бруссье отбыл в военный лагерь в Амьене, а 12 октября 1800 в очередной раз вернулся в Италию. С 1801 по 1803 он занимал пост губернатора Милана. 22 сентября 1803 был назначен военным комендантом Парижа. Этой почётной должности он лишился 7 ноября 1805, став начальником штаба Северной армии. 7 февраля 1806 его в качестве командира резервной дивизии перевели в корпус маршала Лефевра.