Бруно родился в состоятельной семье графов Кверфуртских. Обучался в знаменитой магдебургской школе, основанной архиепископом Адальбертом Магдебургским, после её окончания остался служить каноником в Магдебурге.
В 996—997 годах сопровождал Оттона III в Рим, проникся аскетизмом, принял монашество. В 998—1002 годах монашествовал сначала в бенедиктинском монастыре св. Алексея на Авентине, затем, под руководством аббата Ромуальда в монастыре возле Равенны.
В 1004 году Бруно посвящён в архиепископы и, поскольку он был увлечен миссионерскими идеями, Папа Римский Сильвестр II сделал его архиепископом язычников (лат. archiepiscopus gentium, то есть миссионером, не имеющим определённого диоцеза). В 1004 году пытался в Мерзебурге побудить короля Генриха II к крестовому походу против пруссов. Проповедовал в Венгрии (среди так называемых «чёрных» венгров, остававшихся язычниками).
В 1007 году Бруно Кверфуртский посетил Киевскую Русь, встретился с Владимиром Святославичем и при его участии крестил часть печенегов, рукоположив для них епископа (очевидно, при сослужении древнерусских иерархов). Судьба этой епархии неизвестна, по-видимому, она оказалась недолговечной.
В 1008 году Бруно прибыл в Польшу, откуда отправил миссию в Швецию. Написанные в Польше послания Бруно королю Германии относятся к редким свидетельствам современников о Владимире Киевском и князе Польши Болеславе I Храбром.
Осенью 1008 или зимой 1008/1009 годов. Бруно с 18 спутниками отправился проповедовать христианство к пруссам, где сначала ему удалось крестить местного князя («короля пруссов») Нетимера и ряд лиц его окружения. Но вскоре после этого, то есть 14 февраля 1009 года Бруно был обезглавлен, а 17(?) из 18 его спутников повешены по приказу одного из вассалов Нетимера; по Магдебургским анналам (ок. 1170) и некоторым др. источникам (например, Кведлинбургским анналам), это произошло «на стыке границ уже упоминавшегося края (= Пруссии), Руси и Литвы».
Бруно Кверфуртский изучил обстоятельства убийства св. Адальберта Пражского (погибшего, как и сам Бруно, у пруссов в 997 г.), а также пяти своих братьев по монастырю (погибших в 1001 г.) и описал эти события в сочинениях «Житие пяти братьев» и «Страдания святого Адальберта». Другим известным биографом Адальберта и его современником был монах-бенедиктинец Иоанн Канапариус.
Бруно был канонизирован ок. 1025 года, память в Католической церкви — 15 октября.
