Свою профессиональную карьеру Эндо начал в клубе «Йокогама Флюгелс», затем два сезона отыграл за «Киото Санга». С 2001 года выступает за «Гамба Осака», проведя за это время в её составе в различных турнирах более 300 матчей.
В национальной сборной Ясухито Эндо дебютировал 20 ноября 2002 года в матче со сборной Аргентины, к настоящему моменту он провёл в её составе 100 матчей, и забил 9 голов. Эндо включён в заявку Японии на чемпионат мира 2010, и это будет его второй чемпионат мира.
Достижения
- Личные:
- Футболист года в Азии: 2009
- Футболист года в Японии: 2008
- В символической сборной Джей-лиги (7): 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009
- Лучший игрок Лиги чемпионов АФК: 2008
- В составе сборной:
- Финалист молодёжного чемпионата мира: 1999
- Чемпион Азии: 2004
- Клубные:
- Обладатель Суперкубка Японии: 2007
- Обладатель Кубка Императора: 2008, 2009
- Обладатель Кубка Джей-лиги: 2007
- Чемпион Японии: 2005
- Победитель Лиги чемпионов АФК: 2008