В 1898 году С. А. Белокуров опубликовал монографию «О библиотеке московских государей в XVI столетии», в которой отрицал факт существования «Библиотеки Ивана Грозного». В связи с его выводами «Журнал министерства народного просвещения» в 1899 году даже предложил «вопрос о царской библиотеке считать исчерпанным». В 1904 году удостоен степени доктора церковной истории. Занимался главным образом историей общественной и культурной жизни России XVI?XVII веков. Был активным членом Московского общества истории и древностей российских.
Главные труды
- «Адам Олеарий о Греко-латинской школе в Москве в XVII столетии» (М., 1888),
- «Арсений Суханов. Часть I. Биография Арсения Суханова» (М., 1891, магистерская диссертация);
- «Арсений Суханов. Часть II, вып. I. Сочинения Арсения Суханова» (2-е изд., М., 1894);
- «Дело о присылке шахом Аббасом Ризы Господней царю Михаилу Феодоровичу» (М., 1891).
- «Из истории духовного просвещения в Московском государстве XVI—XVII вв.»;
- «Известие истинное и показание светлое о новоисправлении книжном Сильвестра Медведева» (М., 1886);
- «Материалы для русской истории» (М., 1888);
- «Сношения России с Кавказом. Вып. I. 1578—1613 гг.» (М., 1889);
- «О мнимой библиографической редкости XVII века» (M., 1891);
- «О библиотеке московских государей в XVI столетии» (1898)
- «Утвержденная грамота об избрании на московское государство Михаила Федоровича Романова». (М., 1906).
- «Юрий Крижанич в России» (М., 1901),
