С пятилетнего возраста играл на скрипке, в 1992 г. поступил в скрипичный класс колледжа при Академии имени Сибелиуса. В 1995 г. по случаю юбилея колледжа любому желающему студенту было предложено попробовать себя в качестве дирижёра с оркестром Академии, и Франк воспользовался этой возможностью. Руководитель класса дирижирования Академии Йорма Панула немедленно пригласил Франка для частных занятий, а в 1996 г. Франк поступил в его класс. Однако уже в 1998 г. он прекратил обучение без получения диплома, поскольку к этому времени началась его активная международная карьера дирижёра. К 23 годам Франк выступил со всеми ведущими оркестрами Скандинавии, а также с такими коллективами, как Лондонский симфонический оркестр, оркестр «Филармония», Израильский филармонический оркестр, Мюнхенский филармонический оркестр. Особенную известность принесла Франку работа с произведениями Сибелиуса и Раутаваары — среди его записей, в частности, оперы Раутаваары «Распутин» и «Дом Солнца».
В 2002—2007 гг. Микко Франк возглавлял Национальный оркестр Бельгии. Одновременно в августе 2006 г. он занял пост музыкального руководителя Финской национальной оперы, однако в феврале 2007 г. неожиданно покинул его, заявив об отсутствии взаимопонимания с администрацией труппы. Но уже к ноябрю 2007 г. администрация сменилась, и с 1 января 2008 г. Франк вновь примет руководство театром, причём не только как музыкальный руководитель, но и как генеральный директор.
