Церковное предание сообщает, что он был обращен в христианство апостолом Павлом и был поставлен епископом Марафона Фригийского где и принял мученическую смерть. Эти же сведения содержатся в церковной службе, посвящённой Флегонту: «Марафонстии жители предстателя тя величайша и учителя изрядна, и светильника, и наставника имуще, Флегонте славне, почитают тя непрестанно».
Существует мнение, что Флегонт был вольноотпущенником императора Нерона.
В православной церкви память Флегонта совершается 21 апреля (8 апреля по старому стилю) и 17 января (4 января по старому стилю) в день Собора Апостолов от семидесяти, в католической церкви — 8 апреля.
