С 1885 г. Судхофф врачевал бедных в нижнебергской общине Милрат (сегодня Эркрат) и рабочих на хохдальском металлургическом заводе. С 1894 г. он также был членом совета общины.
Со времени учреждения Немецкого общества истории медицины и естественных наук в 1901 г. он был его он был его председателем.
В 1905 г. Судхоффа пригласили на должность внештатного профессора истории медицины в Лейпцигский университет. 1 апреля 1906 г. Институт истории медицины и естественных наук, известный под этим именем с 1938 г., был открыт как первый институт в мире, специализирующийся на истории медицины. С 1919 г. (до ухода на на пенсию в 1925 г.) он оставался на должности заведующего кафедрой.
В политике Судхофф придерживался германских национальных взглядов, что сподвигло его в 80-летнем возрасте (в 1933 г.) вступить в НСДАП.
Судхофф стал известен, прежде всего, благодаря изучению средневековых рукописей по медицине. Он издавал труды Парацельса, сохранившие свою значимость до наших дней. Судхофф основал несколько обширных коллекций, посвященных истории медицины, у него была чрезвычайно большая частная библиотека.
В 1925 г. Немецкое общество истории медицины и естественных наук учредило медаль Судхоффа за выдающиеся научные труды в области медицины, естественных наук или техники. До сегодняшних дней учрежденный Судхоффом научно-исторический специальный журнал носит название Архив Судхоффа.
