Обучался в Виленской духовной семинарии, в 1896 году окончил Киевскую духовную академию (кандидатская работа посвящена книге пророка Иезекииля). В 1898—1907 был помощником смотрителя Мариупольского духовного училища. В 1904 году им написана работа «Первая глава книги пророка Иезекииля. Опыт изъяснения», за которую Киевская духовная академия в 1905 году присвоила ему степень магистра богословия. В 1906—1918 годы был преподавателем в Киевской духовной академии (Священное Писание Ветхого Завета, затем догматическое богословие и латинский язык), а также читал курс византологии на историко-филологическом факультете Высших педагогических курсов Общества профессоров и преподавателей.
М. Скабаллановичем был написан обширный труд «Толковый Типикон», за который в 1912 году Киевская духовная академия присвоила ему степень доктора церковной истории. С 1920 года — преподаватель кафедры классической филологии Киевского университета. В 1928—30 гг. работал в Этнографической комиссии АН УССР. Был репрессирован и умер в 1931 году в ссылке в Архангельске.
Сочинения
- Первая глава книги пророка Иезекииля. Опыт изъяснения.
- Событие Преображения Господня и его значение для христианского богословия.
- Что дает богослову первая глава книги пророка Иезекииля.
- О звезде волхвов.
