Начал изучать философию в Ингольштадте в 1592, и позже переехал в Аугсбург, чтобы работать адвокатом. Он заинтересовался астрономией, находясь в Аусгбурге. В конечном счёте он стал юрисконсультом в аугсбургском городском совете в 1612.
Наиболее известной его работой стал звёздный атлас «Уранометрия» («Uranometria»), изданный в 1603, который стал первым атласом, который охватил всю небесную сферу. Он ввёл систему обозначений звёзд с помощью греческих букв, а также несколько новых созвездий.
В честь Байера назван кратер на Луне.
