1 августа 2003 года был назначен ректором Хельсинкского университета на пятилетний срок (1 августа 2008 года его на этом посту сменил Томас Вильгельмссон (фин.)русск.).
25 апреля 2008 года был Илькка Нийнилуото избран канцлером Хельсинкского университета, вступил в должность 1 июня 2008 года.
И. Нийнилуото является главным редактором ведущего философского журнала Финляндии Acta Philosophica Fennica.
Наиболее известные работы
- Critical Scientific Realism, (2002) Oxford, Oxford University Press.
- Truthlikeness, (1987) Synthese Library, Springer,
