Воспитание получил в 1-м кадетском корпусе, по окончании которого в 1808 году служил в лейб-гвардии Финляндском батальоне.
Принял участие в Отечественной войне 1812 года и последующих Заграничных кампания 1813 и 1814 годов, был ранен в сражениях под Бородиным и при Лейпциге.
Во время Польского мятежа 1831 г. отличился при защите крепости Кейданы, которой с 1820 года был комендантом. Выказал в эту войну много предприимчивости, храбрости и находчивости. 21 декабря 1832 года он был награждён орденом св. Георгия 4-й степени (№ 4700 по списку Григоровича—Степанова).
В 1834 г. Марин был произведён в генерал-майоры и продолжал службу членом комитета государственного коннозаводства, с каковой должности и уволен в отставку с производством в генерал-лейтенанты.
Проживал в своем имении селе Подгорном под Воронежем, где устроил, в 1860-х годах, школу для крестьянских мальчиков, сыновей бывших своих крепостных.
В 1846 г. Марин составил историю лейб-гвардии Финляндского полка, под заглавием «Краткий очерк истории лейб-гвардии Финляндского полка, или Материалы в воспоминаниях и рассказах для полной истории полка, с портретами и планами Бородинского и Лейпцигского сражений» (в 2-х томах, СПб., 1846). Этот труд Марина является первой попыткой историографии и жизненного изображения боевого прошлого полка. Финляндскому полку посвящён и его сборник стихотворений «Песни и рассказы из военных походов» (Воронеж, 1873).
Марин был автором и других произведений военно-исторического содержания: так, им была составлена книга под заглавием «Русские богатыри — заветная книжка для ратных людей и народа русского», где в ряде стихотворений, написанных народным языком, описан весь ход войн 1812 и 1813—1815 годов.
Аполлон Никифорович Марин скончался в 1873 году в селе Подгорном Воронежской губернии.
