Джафар был сыном Мухаммеда аль-Бакира, в 713 году ставшего пятым имамом, а его прадедом со стороны матери Умм Фарва был первый халиф Абу Бакр, также носивший прозвание ас-Садик. Джафар родился в Медине около 702/703 года (встречаются также даты 699/700 и 705) и практически всю жизнь мирно провёл в этом городе. После смерти отца (743) Джафар стал его преемником в достоинстве имама. Подобно своим отцу и деду не принимал участия в политической деятельности. Когда фанатичный стороннник имама Абу-ль-Хаттаб стал распространять слухи, что Джафар ас-Садик — воплощённый бог, он был удалён из окружения имама и основал секту «крайних» шиитов — хаттабийа.
Ещё при жизни Джафара внутри шиитской общины произошёл раскол. Имам назначил своим преемником своего четвёртого сына Мусу аль-Казима, однако у других его сыновей — Исмаила, Абдаллаха и Мухаммеда — нашлись свои сторонники. Исмаилиты (исма‘илийа), последователи умершего в 762 году старшего сына, предполагали, что Исмаил не умер, а скрылся и возвратится как Махди, а пока общиной должны управлять его потомки. После смерти Джафара (765) они признали седьмым имамом Мухаммеда, сына Исмаила. Согласно шиитскому преданию, которое подвергается историками сомнению, Джафар ас-Садик умер, отведав присланных халифом аль-Мансуром отравленных плодов. Он был похоронен на мединском кладбище аль-Баки рядом со своими предками. Часть шиитов поддержала его сына Абдаллаха аль-Афтаха, сформировав секту афтахитов, но через 70 дней после смерти отца умер и Абдулла, поэтому афтахиты оказались дезорганизованными и вскоре секта исчезла, как и таууситы, которые считали, что сам Джафар скрылся и со временем вернётся как Махди.
Имам Джафар ас-Садик является представителем «рационалистического» направления в шиитском мусульманском богословии. Несмотря на многовековую историю, школа джафаритов заняла положение главного шиитского мазхаба только в XVIII веке. Источниками религиозного знания джафариты считают Коран, Сунну, иджму и акл (разум).
