О его молодости ничего не известно, кроме того, что он, вероятно, рождён в Лондоне. Впервые он упоминается в 1612 году в связи с экспедицией по поиску Северо-Западного пути в Индию, в качестве первого помощника капитана Джеймса Холла. Капитан был убит в бою с аборигенами на западном берегу Гренландии. Следующие два года Баффин занимался китобойным промыслом.
В 1615 году ему поручена повторная экспедиция по поиску Северо-Западного пути в Индию. На корабле «Дискавери» Баффин исследовал Гудзонов пролив. Точность астрономических наблюдений Баффина в этом путешествии была подтверждена сэром Эдуардом Пари на два столетия позже, в 1821 году.
Тем не менее, надежды на открытие Северо-Западного пути в Индию не оправдались. Позже Баффин поступил на службу Британской Ост-Индской компании, и в 1617—1619 гг. совершил экспедицию к Сурату в Индию. В англо-персидском нападении на Кешм 23 января 1622 года Баффин был убит.
