Родился в Архангельской губепнии в 1858 году. Во второй половине 1870-х годов — студент Петровской земледельческой академии в Москве. По окончании курса в Петровской земледельческой академии в 1880 году занимался исследованием кустарных промыслов во Владимирской губернии. Собранный материал издан под названием «Промыслы Владимирской губернии» (М., 1882-84 гг.).
В 1884 году Пругавин издал книгу «Сельская община и кустарные промыслы Юрьевского уезда, Владимирской губернии».
С 1884 по 1886 годы Пругавин заведовал земскими статистическими работами в Екатеринославской губернии и частью им самим, частью под его руководством, были исследованы и обработаны статистические сведения по уездам Бахмутскому (1884), Славяносербскому (1884-1886) и Мариупольскому (1885-1880).
Работы Пругавина, как земского статистика, принадлежат к московскому типу (см. Земская статистика).
Пругавин сотрудничал во многих периодических изданиях, в особенности же много его статей по экономическим вопросам появилось в «Юридическом Вестнике», «Русских Ведомостях» и в «Русской Мысли».
В своих статистических трудах и статьях Пругавин выступает убежденным защитником общинного крестьянского землевладения.
Последние годы Пругавин находился на излечении в психиатрической лечебнице в Москве, где и умер в 1896 году.
