После революции 1905 года общественное мнение отвернулось от роскоши раннего модерна в сторону неоклассики и сдержанного «северного модерна». Кекушев оказался не способным изменить свой стиль, или не пожелал сделать это. Его крупнейший проект — ресторан «Эльдорадо» (1907) — был построен другим архитектором со значительными отступлениями от кекушевских чертежей. В 1910-е гг. творчество Кекушева быстро угасает; исключая больницу в Преображенском (1912), его постройки 1910-х годов невыразительны.
М. B. Нащокина предполагает, что самоустранение Кекушева — последствие болезни, вероятно, психической. Смерть архитектора остаётся тайной — не известны ни год смерти, ни место погребения.
Проекты и постройки
Проект комплекса скотобоен (1887, Санкт-Петербург), не осуществлён;
Доходный дом Григорие-Богословской церкви, совместно с архитектором С. И. Тихомировым (1888—1893, Москва, Большая Дмитровка, 30);
Дом Пантелеева (1890—1892, Москва, Олсуфьевский переулок, 2), не сохранился;
Намогильная часовня наследников Хлудовых в Покровском монастыре (1890—1892, Москва, Абельмановская застава);
Намогильная часовня Прохоровой в Ново-Алексеевском монастыре (1890—1892, Москва, Второй Красносельский переулок), не сохранилась;
Перестройка барского дома, постройка школы, служб и церковной ограды а имении Боборыкина (1890—1892, Орловская губерния);
Доходный дом Гагарина (1890—1893, 1896, Москва, Варсонофьевский переулок, 6);
Проект особняка А. И. Обуховой (1891, Москва, Малый Козловский переулок, 4), был осуществлён со значительными отклонениями от проекта, позднее частично перестроен;
Каменный павильон для копытных животных в Московском Зоологическом саду (1892—1893, Москва, Волков переулок, 12);
Перестройка торгового дома М. С. Кузнецова, совместно с С. С. Шуцманом (1894—1895, Москва, Мясницкая улица, 8), не сохранился;
Богадельня имени И. Н. Геер с храмом Святого Иосифа Обручника, при участии И. А. Иванова-Шица (1894—1899, Москва, Верхняя Красносельская улица, 15), объект культурного наследия регионального значения;
Отделка дома Спиридонова (до 1895, ?);
Доходный дом наследниц Хлудовых (1894—1896, Москва, Театральный проезд, 3/1 — Рождественка, 1/3), капитально перестроен по проекту С. Е. Чернышёва (1934), М. М. Посохина (2001);
Особняк Т. И. Коробкова, совместно с С. С. Шуцманом (1894—1896, 1899, Москва, Пятницкая улица, 33);
Водоподъёмное здание в комплексе Ярославского вокзала (1895—1897, Москва, Комсомольская площадь, 5);
Здание станции «Мытищи» Московско-Ярославской железной дороги (1895—1898, Мытищи);
Проект особняка М. С. Кузнецова (1896, Москва, Пятницкая улица, 8), не осуществлён;
Проект павильона Крайнего Севера на Всероссийской художественной и промышленной выставке по эскизам К. Коровина (1896, Нижний Новгород, Канавино)
Оформление Тверской улицы (от Дома генерал-губернатора до Кремля), Воскресенской площади и здания Городской думы к празднествам коронации императора Николая II (1896, Москва), не сохранилось;
Павильон-галерея для приёма гостей в период коронационных торжеств при вокзале Московско-Брестской железной дороги (1896, Москва), не сохранился;
Проект усыпальницы Кузнецовых (1897, Москва), не осуществлён;
Проект загородного дома Воронина (1897, ?), не осуществлён;
Проект доходного дома Раевской (1897, Москва, Спиридоновка), неосуществлён (?);
Доходный дом (1897, Москва, Покровка, 29);
Особняк Т. С. Любатович со службами (1897, Москва, Долгоруковская улица, 36);
Дом М. С. Грачёва в усадьбе «Грачёвка», при участии архитектора Г. А. Кайзера (1897—1900, Москва, Зеленоградская улица, 13);
Пристройка к дому Н. А. Лукутина (1898, Москва, Тверская улица, 18), не сохранилась;
Конкурсный проект фасадов гостиницы «Метрополь», совместно с архитекторами В. В. Воейковым, Н. Л. Шевяковым, С. С. Шуцманом (1-я премия) (1898, Москва, Театральная площадь, 1/14), построена по другому проекту при участии Л. Н. Кекушева;
Особняк Л. Н. Кекушева (О. Листа, Н. Кусевицкого) (1898—1899, Москва, Глазовский переулок, 8), объект культурного наследия регионального значения;
Станция «Одинцово» Московско-Брестской железной дороги (1898—1899, Одинцово);
Химическая лаборатория Императорского Технического училища (1898—1899, Москва, 2-я Бауманская улица, 10);
Проект особняка Санкт-Петербургского Общества Страхований (1899, Москва, Тверской бульвар), не осуществлён;
Перестройка особняка И. И. Некрасова (1899, Москва, Гоголевский бульвар, 4);
Особняк М. С. Саарбекова, при участии С. С. Шуцмана (1899, Москва, Поварская улица, 24), объект культурного наследия регионального значения;
Перестройка конюшен А. А. Портман (1899, Москва, Нарышкинская аллея), не сохранились;
Никольские (Иверские) торговые ряды, при участии С. С. Шуцмана (1899—1900, Москва, Никольская улица, 5);
Гостиница «Метрополь» (проектирование и строительство до пожара 1901 года), при участии С. С. Шуцмана, фасады архитектора В. Ф. Валькота (1899—1901, Москва, Театральная площадь, 1/14);
Павильон для встречи Императора Александра III (1890-е, ?);
Проект перестройки Императорского Технического училища (постройки, перестройка, надстройка галерей, изменение планировки и отделки интерьеров) (1890-е — 1900-е, Москва);
Отделка интерьеров Московской Городской думы (1900, Москва);
Дом в имении И. И. Некрасова «Райки» («Американский дом») (до 1900-го, Московская губерния);
Проект доходного дома Раевской (1900—1902, Москва, Спиридоновка), не осуществлён;
Особняк А. И. Кекушевой, при участии архитектора В. С. Кузнецова (1900—1903, Москва, Остоженка, 21);
Конкурсный проект доходного дома наследников Папудовой, совместно с С. С. Шуцманом и Н. С. Шуцманом (2-я премия) (1901, Одесса), не осуществлён;
Доходный дом (1901, Москва, Остоженка, 17);
Конкурсный проект Суворовского музея (3-я премия) (1901, Санкт-Петербург), не осуществлён;
Конкурсный проект вокзала Московско-Виндавско-Рыбинской железной дороги (4-я премия) (1901, Москва), не осуществлён;
Хирургическая лечебница С. М. Руднева (1902, Москва, Серебрянический переулок, 4);
Флигель и жилой дом во владении О. Ф. Курлюкова (1902, Москва, Колпачный переулок, 2);
Доходный дом (1902, Москва, Колпачный переулок, 6);
Проект доходного дома М. А. Фонка, при участии С. С. Шуцмана (1902, Москва, Уланский переулок, 5), не осуществлён;
Перестройка доходного дома М. А. Франка, совместно с С. С. Шуцманом (1902, Москва, Большой Кисельный переулок, 11);
Доходный дом А. Ф. и Н. Ф. Бочаровых (1902, Москва, Гоголевский бульвар, 21);
Доходный дом А. И. Кекушевой (1902—1903, Москва, Остоженка, 19);
Особняк В. Д. Носова (1903, Москва, Электрозаводская улица, 12);
Конюшня в имении коннозаводчика Н. П. Малютина (1903, ?);
Особняк И. А. Миндовского (1903, Москва, Поварская улица, 44/2);
Особняк М. Г. Понизовского (1903, Москва, Поварская улица, 42/1), фасад изменён в 1914—1915 гг. по проекту архитектора В. И. Мотылёва; объект культурного наследия регионального значения;
Конкурсный проект женской гимназии М. Н. Гарелина (3-я премия) (1903, Иваново-Вознесенск), не осуществлён;
Доходный дом К. Т. Толоконникова (К. В. Исаева) (1903, Москва, Пятницкая улица, 49, к. 2, во дворе);
Доходный дом И. П. Исакова (Московского Торгово-Строительного Акционерного общества) (1904—1906, Москва, Пречистенка, 28), объект культурного наследия федерального значения;
Надстройка дома Лыжиных (1904, Москва, Остоженка, 26/2), не сохранился;
Дача В. А. Лыжина (1905, Московская область, Ивантеевка);
Перестройки и отделка интерьеров особняка И. А. Морозова (включая отделку зала для панно М. Дени) (1905—1908, Москва, Пречистенка, 21);
Конкурсный проект ресторана «Яр» (1905—1907, Москва), не осуществлён;
Перестройки, устройство нового входа в ресторан «Прага» (1906, Москва, Арбат, 2/1);
Особняк М. В. Асеева, при участии архитектора Л. М. Кугушева (1906, Тамбов);
Фабричный корпус на Тонкосуконной фабрике В. А Лыжина (1906, Ивантеева);
Конкурсный проект ресторана И. А. Скалкина «Эльдорадо» (1907, Москва, Красноармейская улица, 1), осуществлён архитектором Н. Д. Поликарповым по измененённому проекту; объект культурного наследия регионального значения;
Особняк А. А. Пантелеева (1909, Москва, Олсуфьевский переулок, 2);
Перестройка особняка С. И. Щукина (1909, Москва, Большой Знаменский переулок, 8);
Городская усадьба В. В. Аносова (1909—1910, Тамбов);
Доходный дом БЫкова (1909—1910, Вторая Брестская улица, 19/18);
Дворовые постройки и изменения в торговом доме В. Д. Носова (1909, 1911—1912, Москва, Большой Черкасский переулок, 11);
Конторское здание («дом для служащих»), конюшня, каретный сарай, жилая казарма для рабочих, фабричная плотина при Тонкосуконной фабрике В. А. Лыжина (1900-е, Ивантеевка);
Новый перрон в здании Ярославского вокзала (встроен в существующий зал ожидания) (1900-е, Москва, Комсомольская площадь, 5);
Дача в имении Н. И. Некрасова «Райки» (1900-е, Московская область);
Деревянная дача и флигель Ермакова (Московская область, пос. Мамонтовка, Октябрьская улица, 23);
Конкурсный проект Торгового дома Лямина (1900-е, Москва), не осуществлён (?);
Постройки во владении «Дома призрения бедных», основанного Г. И. Хлудовым (1900е-е, Москва, Сыромятнический проезд, 6);
Усадьба М. К. Морозовой (1900-е, Калужская область, Обнинск);
Оформление магазина в доме наследников П. М. и Н. С. Третьяковых (1910, Москва, Никольская улица), не сохранился;
Доходный дом (1910, Малый Афанасьевский переулок, 4, стр. 2);
Проект старообрядческой церкви (1910, ?);
Корпус хирургической лечебницы С. М. Руднева (1910—1911, Москва, Серебрянический переулок, 4, левое здание);
Больница при Преображенской старообрядческой общине (1912, Москва, Преображенский Вал, 19), выявленный объект культурного наследия;
Перестройка здания железнодорожного вокзала на станции Кубинка (1912—1913, Московская область,