С 1589 года по 1608 год он был настоятелем Троицкого Данилова монастыря в Переяславле-Залесском.
В 1589 году был в Москве на соборе об учреждении патриаршества.
В начале 1613 года хиротонисан во епископа Сарского и Подонского с возведением в сан митрополита.
С 1614 года, после смерти Казанского митрополита Ефрема, заведовал патриаршими делами до возвращения из плена митрополита Филарета.
В делах церковного управления он показал себя очень жестоким и неосмотрительным в своих действиях. Он без суда и следствия, а лишь по доносу лишил Вологодского епископа Нектария святительского сана и заточил его в Кирилло-Белозерский монастырь. В другой раз необыкновенную жестокость проявил митрополит Иона по отношению к исправителям Требника — архимандриту Троице-Сергиева монастыря Дионисию и старцу Арсению, которые были заточены им в монастыри, даже подвергнуты мучениям и издевательствам.
24 июня 1619 года участвовал в избрании и посвящении в сан патриарха митрополита Филарета.
В 1620 году решением Собора был запрещён в священнослужении и отстранён от управления епархией за неправильное крещение двух латинян, присоединившихся к православной церкви и за неправое осуждение епископа Нектария. С 1624 года пребывал на покое в Спасо-Прилуцком Вологодском монастыре, где и скончался 29 марта 1627 года. Погребён на кладбище Спасо-Прилуцкого монастыря, против алтаря соборной церкви.
