Сын баварского герцога Генриха II Строптивого и Гизелы Бургундской, правнук короля Генриха I Птицелова. С 7 июня 1002 года — король Германии, 14 февраля 1014 года папой Бенедиктом VIII коронован как император. В браке с Кунигундой Люксембургской не имел детей, с его смертью пресеклась династия Оттонов. Канонизирован папой Евгением III в 1146 году. Генрих II, в отличие от своего предшественника Оттона III, направил свою политику на консолидацию земель и решение проблем рейха к северу от Альп. Бо?льшую часть своего правления он вёл войну на восточных рубежах империи с польским князем Болеславом Храбрым.
Совершил три похода в Италию с целью утверждения в этой части империи своего господства и получения титула императора. Время правления Генриха считается периодом интенсификации и централизации королевской власти, а также усиления связи государства и церкви. Опорой его власти стали епископства, как существующие, укреплённые дарениями императора, так и учреждённые вновь.
Основал в 1007 году Бамбергское епископство, ставшее значительным политическим и культурным центром Франконии. Генрих II активно участвовал в реформировании церковной жизни. Основным источником сведений о жизни и правлении императора является хроника Титмара Мерзебургского.
Ранние годы
После смерти Оттона II Генрих Строптивый освободился из заключения, захватил малолетнего Оттона III, потребовал признать себя его опекуном и попытался добиться своего избрания императором. Однако большая часть германской знати и представителей церкви не поддержала его притязаний. В Роре Генрих Строптивый договорился о передаче Оттона III матери в обмен на обещание вернуть ему герцогство Баварию. 29 мая 985 года на рейхстаге во Франкфурте Генриху II Баварскому были возвращены его земли. На церемонии, где состоялось окончательное примирение Людольфингов, присутствовал и его сын Генрих. В документах того времени он значился как сорегент (лат. condux) своего отца. Он оставил хидельсхаймскую школу и продолжил своё образование в Регенсбурге под руководством епископа Вольфганга. С 988 года Генрих непременно сопровождал отца в дипломатических поездках и военных походах.
Герцог Баварии
Вместе с отцом летом 995 года Генрих выступил в поход против славян долины Одера. Однако Генрих Строптивый заболел, и сын перевёз его в Гандерсгейм. Умирая, Генрих II Баварский просил сына сохранять мир с королём и навести порядок на своих землях. 28 августа 995 года Генрих Строптивый скончался, его сын под именем Генриха IV наследовал герцогство Баварское, а баварское дворянство подтвердило его права. В то же время Оттон III отделил от Баварии Каринтию, которой Генрих Строптивый владел с 989 года, и передал её графу Оттону Вормсскому с тем, однако, чтобы Генрих IV Баварский осуществлял контроль за этими землями.
Около 1000 года Генрих женился на Кунигунде, дочери графа Зигфрида Люксембургского. На отношения между супругами, всегда уважавшими друг друга, не повлияли ни проблемы с братьями Кунигунды, которые испытал Генрих впоследствии, ни то, что брак остался бездетным.
Приближённый Оттона III
Впервые Генрих Баварский участвовал в походе императора Оттона III в Италию в 996 году, исполняя обязанности советника по военным вопросам. Генрих присутствовал на коронации Оттона в Риме 21 мая 996 года, а после того, как император покинул город, остался в нём ещё на несколько недель и принял участие в Великом соборе, проводившемся 24—26 мая. По желанию Оттона Генрих оставался при императорском дворе.