Родился 9 января 1902 года в семье марранов (евреев-христиан) в городе Барбастро, в провинции Уэска. В возрасте 15 или 16 лет он почувствовал призвание к служению Господу и решил стать священником. С 1918 года учился в семинарии в Логроньо, а затем, с 1920 — в Сарагосе. В 1923 году с разрешения церковных властей занимался в Сарагосском университете на факультете гражданского права. 20 декабря 1924 года был посвящён в диаконы, а 28 марта 1925 года стал священником.
Он начал своё служение в маленьком приходе Пердигера, принадлежащем к сарагосской епархии. Затем исполнял обязанности священника в Сарагосе. Весной 1927 года, с разрешения архиепископа, переехал в Мадрид, где развернул неустанную священническую работу в различных социальных группах, уделяя особое внимание бедным жителям городских окраин, а также неизлечимо больным и умирающим в больницах и приютах. Он стал капелланом Фонда помощи больным — благотворительного учреждения при Апостольских женах Священного Сердца Иисусова. В то же время он, профессор Университетской академии, продолжал работу над докторской диссертацией по гражданскому праву, которая могла быть закончена только в Мадридском университете.
2 октября 1928 года святой Хосемария Эскрива основал организацию Opus Dei.
В 1934 году основатель Opus Dei был назначен ректором Фонда святой Елизаветы. Когда в Испании началась гражданская война, он с большим риском для жизни исполнял свой священнический долг в Мадриде, а позднее в Бургосе.
14 февраля 1943 года он основал Священническое общество Святого Креста, неразрывно связанное с Opus Dei и позволившее рукополагать священников из мирян — членов Opus Dei. В дальнейшем Священническое общество Святого Креста позволяло священникам, инкардинированным в разные епархии, разделять духовность и аскетику Opus Dei и искать святости в исполнении своего священнического долга, завися при этом исключительно от своего епархиального епископа.
В 1946 году отец Эскрива избрал своей резиденцией Рим, где и оставался до конца жизни. Из Рима он воодушевлял и направлял распространение Opus Dei по миру. К моменту кончины своего Основателя Opus Dei насчитывал более 60 тысяч членов 80 национальностей.
Святой Хосемария Эскрива был советником Папской комиссии по правильному толкованию Кодекса Канонического Права и Святой конгрегации семинарий и университетов, почётным прелатом Его Святейшества и почётным академиком Папской римской теологической академии. Он был также главным канцлером Наваррского университета (Памплона, Испания) и Пьюрского университета (Пьюра, Перу).
Хосемария Эскрива умер 26 июня 1975 года. Он был погребен в склепе церкви Пресвятой Богородицы — Владычицы Мира (Regina Pacis), в Риме. 15 сентября 1975 года преемником основателя был единодушно избран отец Альваро дель Портильо, его ближайший сотрудник в течение многих лет.
